朱常澇是穆宗之孫、神宗弟之子。兩派各擁福、潞二王，相持不下，最后，由于馬士英以軍隊(duì)為王牌，終于占了上風(fēng)。四月三十日，福王到達(dá)南京，五月三日開始掌管國事，十五日正式登基稱帝，定第二年為弘光元年（1645年）。隨后，他任命馬士英、史可法、高弘圖、姜日廣等為大學(xué)士。弘光政權(quán)作為南明的第一個(gè)朝廷就此建立。它的實(shí)權(quán)控制在馬士英等人手中。馬士英以兵部尚書、內(nèi)閣大學(xué)士的身份處理事務(wù)，其他大學(xué)士根本無權(quán)插手。不久德高望重的史可法不得不離開朝廷，去揚(yáng)州督領(lǐng)軍隊(duì)。
    弘光政權(quán)擁有東南的半壁江山、近百萬的軍隊(duì)。軍隊(duì)主要分成兩部，一是所謂“江北四鎮(zhèn)”，即黃得功、高杰、劉良佐、劉澤清四總兵，他們分別領(lǐng)兵集聚在江準(zhǔn)之間，形成眾星拱月之勢，保衛(wèi)南京。二是左良玉、左夢庚父子統(tǒng)率的軍隊(duì)，駐扎在武漢附近。除此之外，地方上也有軍隊(duì)待命。
    大順軍為抗清向西收縮兵力，弘光政權(quán)建立后，先后收復(fù)了宿遷、歸德、開封、汝寧等地。南明在七月至八月時(shí)的控制范圍是當(dāng)時(shí)幾個(gè)政權(quán)中最大的，包括黃河下游以南，今京廣線黃河長江間段以東、武昌上游的長江以南的半壁江山，資源也為幾個(gè)政權(quán)之首，但其腐朽糜爛也是首屈一指。以福王為首的統(tǒng)治集團(tuán)笙歌達(dá)旦，在此危難存亡的時(shí)刻只顧歡愉享樂。福王在還是世子時(shí)就荒淫無道，此時(shí)在馬士英等人的教唆下更是興營造、配春方、選淑女，肆意橫行，忙得不亦樂乎。執(zhí)政的馬、阮集團(tuán)則賣官鬻爵，魚肉鄉(xiāng)里，貪污受賄。福王即位時(shí)，答應(yīng)要減免軍事稅收，去掉漕糧中各種附加費(fèi)用，取消崇禎十四年（1641年）后各項(xiàng)積欠錢糧等，然而都未能付諸實(shí)踐。相反，到五月底命令三餉必須交齊，不能拖欠。十二月又接行稅契法，實(shí)際上是加稅，民田中熟田每畝二分，熟地每畝五分，山塘每畝一厘，只發(fā)一張弘光元年（1645年）的契約單。總之，是想盡辦法搜刮民脂，害得百姓無以生存。
    這樣，弘光政權(quán)危機(jī)四伏，各種沖突日益尖銳。縉紳權(quán)貴地主集團(tuán)內(nèi)部黨派之爭越來越激烈。馬、阮上臺后，大翻閹黨的舊賬，甚至企圖利用福王對萬歷、天啟年間“三案”的宿仇，重頒《三朝要典》，清查東林黨人的老賬，重新評估當(dāng)初清除魏忠賢黨羽的個(gè)案。阮大鉞還造了正續(xù)《蝗蝻錄》《蠅蚋錄》，以東林為“蝗”，復(fù)社為“蝻”，輔助的各大臣為“蠅”“蚋”，又作“十八羅漢，五十三參、七十二菩薩”的黑名單，搜集東林、復(fù)社人士以及南渡之初主張擁立潞王者總共一千左右的人，而以史可法、高弘圖、姜日廣為首，企圖把他們?nèi)�部消滅。非閹黨的馬士英不像阮大鉞那樣走極端，但出于拉幫結(jié)派、排除異己的需要，對東林舊臣及其他擅長議論朝政的人士也狠狠打擊。由于崇禎時(shí)的朝臣大多數(shù)是東林黨人，許多人在李自成進(jìn)京時(shí)投奔大順，于是馬、阮之流便在南京大興“順案”，和東林派執(zhí)行的“逆案”相對應(yīng)。先殺了“降順”后又逃回的周鐘、光時(shí)亨，再借故殺了周鐘之兄周鑣，以及復(fù)社著名人士雷演祚，因此而受牽連被治罪的不計(jì)其數(shù)。
    面對馬、阮勢力的大舉行動，反馬、阮的官僚也加快步伐。他們除了攻擊“逆案”，還抓住“南渡三疑案”不放。所謂“南渡三疑案”即僧大悲冒充崇禎帝案、“童妃案”和“偽太子案”。當(dāng)時(shí)關(guān)于童妃與太子真?zhèn)蔚膯栴}本來就流言紛紛，東林黨人針對此事顯然是對馬、阮泄憤。最后，左良玉擁兵在手且傾向東林黨人，便借口保護(hù)太子起兵東下“清君側(cè)”。于是朝廷中的黨爭演變成內(nèi)戰(zhàn)，而弘光政權(quán)原本動搖不定，經(jīng)不住內(nèi)部爭斗，在一片混亂中逐漸消亡。