本書介紹了微生物擴增子高通量測序數(shù)據(jù)格式和數(shù)據(jù)質(zhì)控、擴增子高通量數(shù)據(jù)分析方法、微生物多樣性分析、微生物群落結(jié)構(gòu)及差異分析、基因功能預(yù)測、微生物與環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析及相關(guān)可視化等內(nèi)容。
第1章 測序數(shù)據(jù)
1.1 示例數(shù)據(jù)
1.1.1 分析目標
1.1.2 采樣點概況
1.1.3 理化數(shù)據(jù)
1.1.4 擴增子高通量測序數(shù)據(jù)
1.2 文件類型
1.3 文件內(nèi)容
1.3.1 FASTQ存儲格式特點
1.3.2 堿基質(zhì)量
1.4 質(zhì)量評估
1.4.1 評估方法
1.4.2 分析結(jié)果
1.4.3 總體樣本質(zhì)量
第2章 擴增子高通量數(shù)據(jù)分析
2.1 分析平臺
2.1.1 平臺介紹
2.1.2 平臺搭建
2.1.3 Ubuntu系統(tǒng)
2.2 構(gòu)建特征表
2.2.1 數(shù)據(jù)導(dǎo)入
2.2.2 去噪
2.2.3 導(dǎo)出特征表
2.2.4 BIOM文件
2.3 物種注釋
2.3.1 參考數(shù)據(jù)庫
2.3.2 訓(xùn)練分類器
2.3.3 物種組成
2.4 小結(jié)
第3章 微生物多樣性分析
3.1 PAST軟件
3.2 Alpha多樣性
3.2.1 數(shù)據(jù)導(dǎo)入
3.2.2 計算多樣性指數(shù)
3.2.3 Alpha多樣性指數(shù)
3.3 稀釋曲線
3.4 Beta多樣性
3.4.1 數(shù)據(jù)導(dǎo)入
3.4.2 距離矩陣
3.4.3 UPGMA聚類分析
3.4.4 群落差異檢驗
3.4.5 排序分析
第4章 微生物群落結(jié)構(gòu)及差異分析
4.1 群落結(jié)構(gòu)
4.1.1 百分比堆積柱狀圖
4.1.2 熱圖
4.1.3 韋恩圖
4.1.4 樣本–物種豐度關(guān)聯(lián)Circos弦裝圖
4.1.5 小結(jié)
4.2 差異分析
4.2.1 統(tǒng)計檢驗
4.2.2 LEfSe在線分析
第5章 基因功能預(yù)測
5.1 PICRUSt
5.1.1 配置環(huán)境
5.1.2 標準分步流程
5.1.3 KEGG通路層級匯總
5.2 Tax4Fun
5.2.1 配置環(huán)境
5.2.2 運行分析
5.3 FAPROTAX
5.3.1 配置環(huán)境
5.3.2 數(shù)據(jù)準備
5.3.3 功能預(yù)測
5.4 代謝通路豐度柱狀圖
5.4.1 基于PICRUSt2輸出數(shù)據(jù)繪圖
5.4.2 基于Tax4Fun2輸出數(shù)據(jù)繪圖
5.4.3 基于FAPROTAX輸出數(shù)據(jù)繪圖
5.5 STAMP軟件
5.5.1 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
5.5.2 假設(shè)檢驗
5.5.3 分析可視化
5.5.4 注意事項
第6章 微生物與環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析
6.1 環(huán)境因子分析
6.2 冗余分析
6.2.1 分析原理
6.2.2 分析步驟
6.2.3 導(dǎo)出圖形
6.3 網(wǎng)絡(luò)分析
6.3.1 分析原理
6.3.2 Cytoscape
6.3.3 Gephi
6.4 隨機森林模型分析
6.4.1 分析原理
6.4.2 分析內(nèi)容
參考文獻
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