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淡水紅藻代表類群葉綠體基因的適應(yīng)性進(jìn)化 淡水紅藻對(duì)生境的要求較高,大部分種類生活在潔凈流動(dòng)的水體中,也有少數(shù)種類分布在靜止水體如湖水和池塘中。 由于淡水紅藻對(duì)水質(zhì)要求較高,隨著水環(huán)境污染的日益加重,其生存受到嚴(yán)重威脅,好多種類已被歐洲國(guó)家列為瀕危物種。 淡水紅藻在漫長(zhǎng)的進(jìn)化歷史中,其演化歷程與生存環(huán)境相互作用,一部分遺傳信息的改變經(jīng)過(guò)自然選擇被固定了下來(lái),發(fā)生基因的適應(yīng)性進(jìn)化。對(duì)具有重要功能蛋白質(zhì)的編碼基因進(jìn)行適應(yīng)性進(jìn)化分析,能夠揭示基因的變異和蛋白結(jié)構(gòu)與功能的改變與淡水紅藻進(jìn)化史的關(guān)系。 本研究選擇了1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶大亞基編碼基因rbcL、光系統(tǒng)Ⅰ反應(yīng)中心(RC)跨膜復(fù)合物的中心蛋白A編碼基因psaA、光系統(tǒng)Ⅱ D1蛋白編碼基因psbA 3個(gè)重要的功能基因,通過(guò)度量核苷酸序列的非同義替換率(dN)和同義替換率(dS)的比值()來(lái)判斷自然選擇對(duì)氨基酸位點(diǎn)的選擇壓力,以此判斷淡水紅藻主要譜系的基因適應(yīng)性進(jìn)化歷程。
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