本書包含目前應(yīng)用廣泛的12個(gè)教學(xué)實(shí)例：7個(gè)量子化學(xué)范疇的實(shí)例和5個(gè)統(tǒng)計(jì)力學(xué)范疇的實(shí)例，涵蓋從電子尺度、分子及分子聚集體尺度到生物大分子體系跨尺度的仿真模擬實(shí)習(xí)，不但涉及模型的構(gòu)建、分子光譜、化學(xué)反應(yīng)機(jī)理探討、液體微觀結(jié)構(gòu)、動(dòng)力學(xué)性質(zhì)和熱力學(xué)常數(shù)的計(jì)算，而且包括蛋白質(zhì)的分子識(shí)別、藥物的靶向輸運(yùn)及分子自組裝等涉及物質(zhì)科學(xué)的結(jié)構(gòu)和性能多方面的熱點(diǎn)問(wèn)題。采用的方法既有量子力學(xué)方法和密度泛函理論（DFT方法）、分子動(dòng)力學(xué)方法（MD），也有拉伸分子動(dòng)力學(xué)方法（SMD）、反應(yīng)分子動(dòng)力學(xué)方法（RxMD）以及粗粒度模擬的方法（CG）。