故事發(fā)生在19世紀上半葉美國密西西比河畔的一個普通小鎮(zhèn)上。湯姆·索亞是個調皮的孩子，他和同父異母的弟弟一起接受姨媽波莉的監(jiān)護。他總是能想出各種各樣的惡作劇，讓波莉姨媽無可奈何，而他也總能想盡辦法來躲避懲罰。一天，湯姆見到了可愛的姑娘蓓姬·撒切爾，她是撒切爾法官的女兒。湯姆一見到她就對她展開了攻勢。而他的愛似乎也得到了回應。
鎮(zhèn)上有一個孩子叫哈克貝利·費恩。他的父親總是酗酒，父母一直打架，因此他跑出來自己生活。他看起來和文明社會格格不入，大人們都不喜歡他，可湯姆和他卻是好朋友。
一日半夜，湯姆和哈克去墳地“試驗”用死貓治疣子的方法時，意外地遇上了一場謀殺案——去盜尸的羅賓遜大夫、印第安人喬和酒鬼波特三個人發(fā)生爭執(zhí)，一怒之下，喬把大夫殺了，并把殺人罪賴到了被打暈的波特身上。當時嚇得夠嗆的湯姆和哈克發(fā)誓，要對此事嚴守秘密。但湯姆在很長時間內一直陷于不安之中。
后來，湯姆由于和蓓姬慪氣而與好友一起離家出走，湯姆、喬·哈波和哈克一起坐筏子到一個小島上去當“海盜”。鎮(zhèn)上的人不知道他們的去向，以為他們在河里淹死了。在為他們舉行葬禮的那天，他們三人卻“奇跡般”地出現了。湯姆成了學校里的英雄。蓓姬也在不久之后與他重歸于好……
不久后，法院終于要審理那樁兇殺案——大家都以為兇手是波特時，湯姆克服恐懼，告發(fā)了印第安人喬，但喬卻當場逃走了。湯姆陷入了極度不安之中。
后來，湯姆和哈克去一個鬼屋“尋找海盜埋藏的財寶”的時候，發(fā)現喬裝的印第安人喬和一個同伙在鬼屋中找到了一部分財寶，并且偷聽到有一個“二號”——另一個藏寶藏的地方。他們決定找到“二號”。
幾天后，蓓姬、湯姆和一些其他朋友去“野餐會”，他們來到了麥克杜格爾洞——一個迷宮般的巖洞里玩。湯姆和蓓姬光顧著玩耍，脫離了大伙兒，迷路了。他們在洞里歷盡波折，饑餓、干渴、黑暗和恐懼不斷襲擊著無助的他們。過了好幾天，他們也沒找到出路。更可怕的是，他們在洞中看見了印第安人喬……
鎮(zhèn)上的人們都以為他們死在洞中了，波莉姨媽和撒切爾一家都悲痛極了。直到一天半夜——鎮(zhèn)上突然喧鬧起來——湯姆和蓓姬被找到了！原來，湯姆牽著綁在石頭上的風箏線探路，終于找到了一個出口，最后被幾個好心人送了回來。
由于這件事，洞口被封了。湯姆知道后，便把印第安人喬在洞里的事告訴了蓓姬的爸爸撒切爾法官。法官便帶人去查看，洞門被打開了，但喬早就餓死了。
后來，湯姆經過分析，判定寶藏已經被印第安人喬藏到巖洞中了。于是他和哈克偷偷地潛入到巖洞中，并根據他們偷聽到的關于“二號”的描述，找到了一個寶箱——里面有一萬兩千余美元！發(fā)現寶藏的他們成了大富翁。
從此以后，湯姆和哈克變成了小鎮(zhèn)上的“風云人物”，不僅走到哪兒都會受到歡迎，而且他們倆的小傳還登在了鎮(zhèn)報上。