福建與臺灣隔海相望，自古以來就有著千絲萬縷的密切關(guān)系。兩地地緣相近，血緣相親，隸屬與共，在長期的歷史發(fā)展過程中，逐漸形成了一個共同的文化區(qū)域，即閩臺區(qū)域。閩臺區(qū)域既保持著中華文化的共性，也彰顯著地域文化的特性。
　　遠(yuǎn)古時代，閩臺兩地屬環(huán)太平洋構(gòu)造帶，兩地往來依賴東山陸橋得以實現(xiàn)。后來，冰期結(jié)束，氣溫回暖，海平面上升，形成了臺灣海峽。但閩臺先民仍保持著人員、物資的交流與互動，大量的考古資料很好地證明了這一點。閩臺之間在區(qū)域上的天然聯(lián)系，是閩臺關(guān)系形成的地理基礎(chǔ)。
　　進(jìn)入文明時期，福建與臺灣的關(guān)系不斷發(fā)展。三國時期的“夷洲”，《隋書》記載的“流求”，都與福建密切相關(guān)。宋代將澎湖劃歸福建晉江縣管轄，并派遣軍隊戍守。到了元代，朝廷在澎湖設(shè)置巡檢司，加強(qiáng)行政管轄。明末，鄭成功收復(fù)臺灣、設(shè)立政權(quán)，開發(fā)臺灣。清初，康熙統(tǒng)一臺灣，并將臺灣納入中央政府的行政管理體系中。
　　康熙統(tǒng)一臺灣之后，朝廷關(guān)于臺灣的棄與留有過一場激烈的爭論。統(tǒng)一臺灣的功臣施瑯力主留臺，他在上給朝廷的折子《恭陳臺灣棄留疏》中提出：“備見野沃土膏，物產(chǎn)利薄，耕桑并耦，魚鹽滋生，滿山皆屬茂樹，遍處俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需.無所不有……此誠天以未辟之方輿，資皇上東南之保障，永絕邊海之禍患……臺灣一地，雖屬外島，實關(guān)四省之要害。勿謂彼中耕種，猶能少資兵食，固當(dāng)議留；即為不毛荒壤，必藉內(nèi)地挽運(yùn)，亦斷斷乎其不可棄�！弊罱K，清廷接納和吸收了施瑯的意見，將臺灣納入中央政府的行政管理體系中。由此，閩臺兩地交往更加密切與頻繁，并逐步形成了“閩臺區(qū)域一體化”的發(fā)展格局。
　　雖隔海相望，但閩臺之間長期以來的交往與融合，推動了臺灣社會穩(wěn)定，人口增長，經(jīng)濟(jì)發(fā)展，臺灣逐漸成為富甲東南的寶島。大量的明清官廷所藏閩臺關(guān)系檔案，也深刻地印證了這一歷史過程。從現(xiàn)存的檔案來看，閩臺兩地的密切聯(lián)系主要體現(xiàn)在以下五個方面：
　　其一，臺隸閩省及臺灣行政建制的逐步完善。隨著臺灣人口的增加和土地不斷被開發(fā)，清政府逐漸擴(kuò)大和完善在臺灣的行政機(jī)構(gòu)。最初設(shè)立臺灣府，下轄臺灣、鳳山、諸羅（乾隆年間改名嘉義縣）三縣，形成“一府三縣”格局；后于雍正元年（1723年）在諸羅縣增設(shè)彰化縣與淡水廳，又于雍正五年（1727年）新設(shè)澎湖廳，形成“一府二廳四縣”格局。嘉慶十七年（1812年），增設(shè)噶瑪蘭廳。光緒元年（1875年）再次進(jìn)行重大調(diào)整，增設(shè)恒春縣、卑南廳和埔里社廳，屬臺灣府，又于北部增設(shè)臺北一府，管轄淡水、新竹、宜蘭三縣，雞籠一廳。至此，臺灣共有二府、八縣、四廳。光緒十一年（1885年），臺灣改設(shè)行省，但與福建仍保持著密切的關(guān)系。臺灣建省，這是中國近代史上的一件大事，也是臺灣歷史的一個重要里程碑。臺灣建省后，地方行政建置得到新的發(fā)展，被劃分為三府、一直隸州、十一縣、五廳。
　　閩臺行政建制關(guān)系有兩個十分顯著的特征：一是在清朝對閩臺地區(qū)的管轄中，軍事鎮(zhèn)守色彩濃厚。清初，東南地區(qū)最高軍政長官為閩浙總督。順治十五年（1658年），為加強(qiáng)對明鄭用兵，專設(shè)福建總督。此后建制有所反復(fù)，雍正十二年（1734年）最終定制為閩浙總督。清朝總督一般都兼管數(shù)省，一省專設(shè)總督的情況比較少見，可見其對閩臺海防之重視。為了確保對東南地區(qū)的控制，清朝還在福州設(shè)將軍，在長樂琴江設(shè)水師旗營。臺灣海峽一旦有警事，軍隊可立即出動。乾隆晚年，以福建督撫、福建水陸兩大提督及福州將軍輪流巡視臺灣的規(guī)例替代之前的巡臺御史制度，加強(qiáng)了閩臺軍事一體化。