吐峪溝石窟是吐魯番地區(qū)開鑿年代最早的石窟群，位處鄯善縣吐峪溝鄉(xiāng)霍加麻扎村北。石窟沿吐峪溝兩側(cè)南北長約500米的范圍分布，分東、西二區(qū)。據(jù)近年考古發(fā)掘統(tǒng)計資料，石窟數(shù)量應(yīng)有百余，其中殘留壁畫者有16個。石窟始建于4世紀，及至5-6世紀之北涼與麴氏高昌時期建寺鑿窟達到頂峰，并成為皇家寺院。7-12世紀，唐西州時期、回鶻高昌王國時期，續(xù)有開鑿或改鑿洞窟的活動，時名“丁谷寺”。13世紀以降，隨著伊斯蘭教的傳播而逐漸廢棄。20世紀初，外國探險隊紛至沓來，盜掠不斷，致使大量珍貴文物流失海外。 
　　吐峪溝現(xiàn)存石窟大多為晉、南北朝、唐代之遺物。從2010年以來連續(xù)六年對吐峪溝的保護性發(fā)掘來看，溝東區(qū)和溝西區(qū)石窟均是多層式的組群布局，以禮拜窟為中心，左右上下開鑿僧房窟、禪窟及其他生活用窟。禮拜窟一般建在最顯著的位置，除了繪有壁畫外，通常在地面鋪磚和抹白灰。石窟的形制和壁畫，反映了龜茲石窟寺和中原石窟造像的影響，是研究吐魯番地區(qū)佛教的發(fā)展演變以及中西佛教藝術(shù)傳播與交融的重要資料，具有重要的學(xué)術(shù)價值。 
　　已故國學(xué)大師季羨林先生曾說過：“世界上歷史悠久、地域廣闊、自成體系、影響深遠的文化體系有四個：中國、印度、希臘、伊斯蘭，再沒有第五個；而這四個文化體系匯流的地方只有一個，就是中國的敦煌和新疆地區(qū)，再沒有第二個。”吐魯番是新疆古代文化的一個縮影，匯聚了四大文化的精華，這里不僅是一個多民族地區(qū)，也是一個多宗教地區(qū)，大凡在絲綢之路沿綫傳播過的宗教，如薩滿教、祆教、佛教、道教、摩尼教、景教、伊斯蘭教，都曾在吐魯番流行過，只是影響大小與流行時間的長短有所不同而已。就吐峪溝石窟而言，可以說是古代吐魯番佛教文化的典型代表。此外，薩滿教、祆教、摩尼教、景教也曾在這一帶有著不同程度的傳播。石窟南側(cè)有著名的吐峪溝麻扎，為新疆伊斯蘭教圣地之一。麻扎坐落于原來的佛教圣地上，體現(xiàn)了該地區(qū)佛教與伊斯蘭教的交替。 
　　吐魯番自古以來就是溝通東西方的通道——絲綢之路上的一顆璀璨明珠。在吐魯番西12公里處的交河故城溝西臺地上，考古學(xué)家采集到了大量舊石器晚期的石器，表明吐魯番在三萬至一萬年前即有遠古人類繁衍生息。2003年以來，鄯善縣洋海墓地的考古發(fā)掘，為我們揭開了沉睡數(shù)千年之久的薩滿巫師的神秘面紗。洋海墓地一號墓地M21和M90兩墓出土了為數(shù)不少的穿孑L人頭骨，說明這是一個靈魂崇拜盛行的原始族群，頭骨穿孔的實施者極有可能就是這個族群的精神領(lǐng)袖——薩滿，也就是漢人通常所謂的巫師，亦即今日維吾爾族、哈薩克族所謂的巴合西、皮爾洪、達罕之屬。可以想見，洋海墓地曾經(jīng)有薩滿階層存在。 
　　早在張騫“鑿空”西域之前，溝通東西方的道路即已開通，漢代以后，中原通西域的絲綢之路更加活躍起來，吐魯番的地位日益凸現(xiàn)，大批移民涌入，民族成分日益復(fù)雜。魏晉時期，一些以商賈為生的中亞粟特商人開始定居吐魯番盆地，在交河溝西及巴達木、木納爾等地都發(fā)現(xiàn)有粟特人墓地。粟特人人居，同時把他們信仰的祆教也一并帶來，這是祆教進入吐魯番的第二個階段。1981年，吐魯番文管所在吐峪溝發(fā)現(xiàn)一處墓地，墓葬中發(fā)現(xiàn)了兩個裝殮祆教徒遺骸的納骨器。從吐魯番出土文書看，高昌國設(shè)有專門管理和監(jiān)督祆教的官吏——“薩寶”，在官方祭祀活動中，需祀祆教神只“丁谷天”，其地位逐步越居薩滿教之上。 
　　摩尼教在吐魯番的流行始于高昌回鵲，9一lo世紀臻至極盛。回鵲入主高昌初期，仍然保持了漠北時期的制度，宗教信仰上尚未受當?shù)厥⑿械姆鸾逃绊�，仍奉摩尼教為國教，成為王室的宗教�?1世紀中葉印度學(xué)者迦爾迪齊著《紀聞花絮》記載了高昌回鶻的宗教狀況，稱高昌回鶻王室尊奉摩尼教，但并不排斥其他宗教，景教、祆教和佛教同樣受到優(yōu)渥待遇。各種宗教和平相處，相互砥礪，共同促進了吐魯番文化的發(fā)展。 
　　中古時期的吐魯番，特別是在前伊斯蘭時代，各種宗教大體上是和諧共處的，這主要得益于宗教信仰的自由，無論是中原王朝控制時期，還是地方政權(quán)當政期間，都不武斷干涉居民的宗教信仰。這些宗教之間縱然偶有摩擦、沖撞，也主要體現(xiàn)在新來宗教給舊有宗教產(chǎn)生一種沖擊，造成舊有宗教的恐慌和不安，但這種不安情緒很快會消失，隨之而來的是各安其狀，甚或互相吸收對方精華的思想，借以彌補自己宗教理論體系之不足。