確切地說，零星的軍事行動在1683年12月就已經(jīng)開始。最先投入戰(zhàn)斗的就是那些生活在俄國人控制區(qū)的土著民眾。這些不堪忍受俄國人盤剝的淪陷區(qū)人民，得悉天朝大兵將要征討羅剎，都爭先恐后地行動了起來。先是牛滿河一帶奇勒爾氏族的奚魯噶奴等人“殺十余羅剎攜其妻子來歸”，接著鄂倫春的朱爾監(jiān)格等人也在精奇里江“殺五羅剎并獲其鳥槍”。牛滿河的部分哥薩克見勢不妙，在一個(gè)名叫米哈洛夫的頭目率領(lǐng)下，退往黑龍江下游。1684年1月，他們在恒滾河附近，和另一股活動在鄂霍次克海岸的哥薩克隊(duì)伍會合，隨即與費(fèi)雅喀人武裝發(fā)生沖突，結(jié)果被費(fèi)雅喀人擊退。

　　之后，薩布素根據(jù)康熙的指示，派遣鄂洛誠等軍官，率兵300人和4門火炮，前往剿滅俄國人。走投無路的米哈洛夫與部下21人向清軍繳械投降。薩布素派人將俘虜和繳獲槍支一起押送回京，鄂洛誠等300名官兵則于伯力就地駐扎，黑龍江下游各處再次被肅清。很快，俄國人在此地區(qū)的據(jù)點(diǎn)就只剩下雅克薩一座孤城而已。1685年3月，清軍和土著武裝的小股部隊(duì)開始到雅克薩附近活動，截殺或俘虜落單的哥薩克，以獲取更準(zhǔn)確的情報(bào)。

　　其時(shí)的雅克薩，城防體系是切爾尼戈夫斯基任總管時(shí)，在斯捷潘諾夫修的城堡舊址上建成的。這是一座長18俄丈、寬13俄丈的四角方城，四周圍以木墻和2俄丈寬的壕溝。在靠陸地那一側(cè)的墻上，修起了一座高塔樓，塔樓下開辟了一座出入的城門。塔樓的上層是議事房，房中安設(shè)哨崗，從那里可以監(jiān)視敵人靠近。在臨河的那一側(cè)，修建了兩座帶有住房的塔樓。后來在城里增建了糧倉和帶鐘樓的教堂。當(dāng)開始有商人前來阿爾巴津之后，該處又蓋起了進(jìn)行交易的店鋪。軍役人員的住處位于城外，護(hù)以攔馬柵和6排刺障。此后不久，根據(jù)哥薩克自己的意愿，在阿爾巴津附近建筑了一座斯巴斯基修道院。到 1670年（清康熙九年），切爾尼戈夫斯基又在城堡周圍增修了一層木障壁，此后再無大修。

　　清軍即將展開大規(guī)模軍事行動的消息，被雅克薩派出的信使傳到莫斯科。意識到事態(tài)嚴(yán)重性的俄國宮廷不愿就此放棄黑龍江這頭“奶�！�。在沙俄當(dāng)局的指令下，西伯利亞各個(gè)俄國城堡都開始行動起來，有人出人、有槍出槍，總共湊出了600多人的隊(duì)伍，由來自德意志地區(qū)的退役軍人阿法納西·拜頓擔(dān)任團(tuán)長，增援雅克薩。在他們趕到前的1685年年初，來自托博爾斯克的軍役貴族阿列克謝·拉·托爾布津已經(jīng)抵達(dá)雅克薩。他帶來了莫斯科朝廷關(guān)于將“阿爾巴津”城堡升格為“阿爾巴津督軍區(qū)”的命令，而督軍就是他本人。他在城內(nèi)聚集了包括軍役人員、農(nóng)民和獵人在內(nèi)的450名哥薩克，算上妻兒老小等非戰(zhàn)斗人員在內(nèi)，接近1000人。他們的武器是3門火炮和300支火繩槍，彈藥則來自獵戶和商人的供給。就這樣，雅克薩據(jù)點(diǎn)里的俄國人在一片風(fēng)雨飄搖中，等待著清軍的到來。

　　1685年6月10日，水陸并進(jìn)的清軍部隊(duì)抵達(dá)雅克薩城下。或許是為了彰顯天子的寬仁，或許也是為了留出部署攻城的時(shí)間，剛升授都統(tǒng)銜不久的清軍總指揮彭春在陣前向俄國人發(fā)布了用滿、蒙、俄三種文字寫成的最后通牒：

　　“前屢經(jīng)遣人移文，命爾等撤回人眾，以逋逃歸我。數(shù)年不報(bào)，反深入內(nèi)地，縱掠民間子女，構(gòu)亂不休。乃發(fā)兵截爾等路，招撫恒滾諸地羅剎，赦而不誅。因爾等仍不去雅克薩，特遣勁旅徂征。以此兵威，何難滅爾。但率土之民，朕無不惻然垂憫，欲其得所，故不忍遽加殲除，反復(fù)告誡。爾等欲相安無事，可速回雅庫，于彼為界，捕貂收賦，毋復(fù)入內(nèi)地構(gòu)亂；歸我逋逃，我亦歸爾逃來之羅剎。果爾，則界上得以貿(mào)易，彼此安居，兵戈不興。倘執(zhí)迷不悟，仍然拒命，大兵必攻破雅克薩城，殲除爾眾矣�！�

　　妄想憑借城防固守待援的托爾布津傲慢地?zé)o視了清軍的最后通牒，于是戰(zhàn)斗終于23日正式打響。

　　為了給俄國人一個(gè)大教訓(xùn)，康熙皇帝用了兩年的時(shí)間打造了這支遠(yuǎn)征軍。主要指揮官郎坦、彭春、溫岱、瓦哈納等人久經(jīng)沙場，先后參與過滅三藩、平臺灣等重大戰(zhàn)事，并頗有戰(zhàn)功。配屬他們的作戰(zhàn)部隊(duì)包括：來自關(guān)內(nèi)直隸、山東、山西、河南四省各自選派的火器兵250名，總數(shù)1000名；其他官兵400名；福建藤牌兵400名①；黑龍江本地官兵500名；滿族上三旗官兵170名；杜爾伯特、扎賚特兩部蒙古兵共500名。遠(yuǎn)征軍總數(shù)3220人。如果算上隨軍夫役、水手等后勤運(yùn)輸人員，以及負(fù)責(zé)屯田的黑龍江、寧古塔、盛京本地駐軍等，則此次邊境作戰(zhàn)清帝國動員的人員總數(shù)達(dá)到近萬人。這對于當(dāng)時(shí)道路、驛站等基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)尚不完善的東北地區(qū)而言，實(shí)屬不易。

　　這支清軍單兵火器數(shù)量不多，全軍僅攜帶了100桿鳥槍。但這并不代表他們就器不如人。為了攻克雅克薩城，他們帶來了43門火炮（不含水師戰(zhàn)船配備的火炮）。其中包括4門鑄造于1676年（清康熙十五年）的“神威無敵大將軍”炮和1門用于攻堅(jiān)、名為“沖天炮”的臼炮，以上兩類火炮主要負(fù)責(zé)轟擊城墻及城內(nèi)建筑。余下的12門鑄造于1681年的“神威將軍”炮、21門子母炮和5門龍炮等輕型野戰(zhàn)炮，則用于攻擊出城反撲的俄國人。上述五種火炮還有45門存放在璦琿各處的軍火庫以資調(diào)用。相對于雅克薩城里只有區(qū)區(qū)3門火炮且只能依靠木城防守的俄國人，清軍在重火力上具有壓倒性的優(yōu)勢。雖然實(shí)際上，即使是體量較大的將軍炮系列，所配備的最重的實(shí)心炮彈也不過10磅左右。放到同時(shí)代的西方，這個(gè)級別的火炮只能承擔(dān)野戰(zhàn)火力支援任務(wù)，若是用它對巨石與厚土構(gòu)成的棱堡打攻堅(jiān)戰(zhàn)，結(jié)果只能是隔靴搔癢。不過，這些火炮用來轟擊雅克薩的木城，卻是綽綽有余。

　　6月25日傍晚，清軍開始炮轟雅克薩城。次日凌晨，正式的進(jìn)攻開始。副都統(tǒng)雅欽和營門校尉胡布諾等統(tǒng)領(lǐng)鳥槍手、弓箭手等，在城南設(shè)大盾牌、堡籃，虛張聲勢作攻城狀。在他們的后方是攜帶龍炮和子母炮的護(hù)軍參領(lǐng)馬世基部。兩翼是攜帶12門神威將軍炮，并隱蔽起來的護(hù)軍參領(lǐng)博里秋、營門校尉烏沙和藤牌兵左提督何佑部。副都統(tǒng)溫岱、護(hù)軍參領(lǐng)瓦哈納等則率一部，攜帶4門神威無敵大將軍炮和1門沖天炮出奇兵，趁夜色搭乘由漢軍鑲白旗出身的黑龍江水師提督劉兆麒率領(lǐng)的運(yùn)輸船，秘密過江，潛伏于城北伺機(jī)而動。副都統(tǒng)雅齊納、鎮(zhèn)守達(dá)斡爾提督白克等率黑龍江水師部分戰(zhàn)船于東南，以備水戰(zhàn)，嚴(yán)防俄國人走水路逃跑。城西山林一帶，清軍也秘密隱蔽了杜爾伯特、扎賚特兩部的蒙古騎兵，以警戒和堵截尼布楚方向來援的哥薩克隊(duì)伍。

　　這一布置果真迷惑了托爾布津，這位督軍大人見南面清軍沒什么重火力武器，遂放心大膽地組織了一次出擊。100多名手持火繩槍的哥薩克在己方炮火的掩護(hù)下，猖狂地從城堡里鉆了出來。他們一邊前進(jìn)，一邊向清軍射擊。雅欽和胡布諾率軍佯退，俄國人則見狀發(fā)起追擊。在此時(shí)，清軍后軍和兩翼的野戰(zhàn)炮兵就掀去火炮上的偽裝物開始射擊。遭到三面攻擊的哥薩克猝不及防，數(shù)十人當(dāng)場斃命，余者狼狽逃回城內(nèi)。

　　與此同時(shí)，奉命率部攜帶火炮潛進(jìn)至城北的溫岱所部，已經(jīng)構(gòu)筑好了炮兵陣地并隨即向城內(nèi)轟擊；城墻被“神威無敵大將軍”轟得千瘡百孔，城內(nèi)的許多塔樓、房屋等建筑物和一門火炮則被擁有曲射能力的“沖天炮”炸毀。其他方向的清軍也對雅克薩發(fā)起強(qiáng)攻。大隊(duì)福建藤牌兵遵照副都統(tǒng)郎坦的指示，在漢軍鑲黃旗建義侯林興珠帶領(lǐng)下，到附近的山林里收集了一大堆柴草枯木，準(zhǔn)備用來直趨城墻下放火。其時(shí)的雅克薩在俄國史家的筆下，已經(jīng)是一片地獄般的景象：

　　“攻城炮彈重量分別為十二、十五、甚至二十俄磅，破壞力很大，城中建筑物被火藥箭射中，燃起了熊熊大火。十天轟擊的結(jié)果，真是令人驚懼：一百人被擊斃，塔樓與城堡破壞無遺，商鋪、糧倉以及教堂，連同鐘樓，統(tǒng)統(tǒng)被火藥箭燒毀。除此以外，全部火藥和鉛彈，皆已告罄�！�

　　城內(nèi)的修道院住持赫爾莫根和神父費(fèi)奧多爾·伊凡諾夫等人見此慘狀，知道負(fù)隅頑抗下去絕沒好下場，于是向托爾布津請?jiān)�，請求督軍大人去找清軍談判，有條件投降。屋漏偏逢連夜雨，此時(shí)又傳來了消息。一支從尼布楚派來的小股援軍見雅克薩城外清軍炮火猛烈，竟然不戰(zhàn)而退。在又進(jìn)行了幾天無效的抵抗后，求援無望、內(nèi)外交困的托爾布津，派使者赴清軍軍營，提出獻(xiàn)城。但他要求清軍答應(yīng)一項(xiàng)條件：允準(zhǔn)雅克薩全體俄國居民攜帶私人財(cái)物、牲畜和各種儲備物資返回自己的國家，而不扣留他們作為俘虜，不使他們妻離子散。

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