《深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革研究》的目標是圍繞深化醫(yī)療衛(wèi)生體制改革需要研究的重點和難點問題，通過理論和實證研究，為制度完善和決策提供證據(jù)和信息。具體目的包括：系統(tǒng)總結(jié)國際衛(wèi)生改革的理論、經(jīng)驗和教訓(xùn)，為深化我國衛(wèi)生改革提供參考；研究促進基本公共衛(wèi)生服務(wù)逐步均等化的關(guān)鍵理論和技術(shù)問題；分析基層衛(wèi)生服務(wù)機構(gòu)的功能與人力資源情況；提出公立醫(yī)院產(chǎn)權(quán)改革和治理結(jié)構(gòu)的框架和模式；提供國家基本藥物政策研究的知識和證據(jù)。
　　《深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革研究》采用定量與定性相結(jié)合的方法。一是用系統(tǒng)綜述分析的方法，系統(tǒng)分析了國內(nèi)外“醫(yī)改”主要政策，總結(jié)了現(xiàn)有研究，保證了研究在較高的基礎(chǔ)上。二是采用定量研究，主要通過收集家庭和機構(gòu)定量信息，完成研究內(nèi)容中有關(guān)率、比例、頻度、數(shù)量等指標的收集工作，這一部分主要是提供證據(jù)信息，同時也為理論研究提供證據(jù)支持。三是利用定性研究，對如何深化醫(yī)療衛(wèi)生體制改革進行深入分析和討論，以產(chǎn)生完善進一步深化改革的政策思路，同時作為定量研究的補充，對定量資料進行解釋和深化，包括知情者訪談、專家咨詢和政策研討。
　　研究結(jié)果緊緊圍繞上述研究目標，共分十二章對“醫(yī)改”現(xiàn)狀、挑戰(zhàn)和政策建議進行了系統(tǒng)的總結(jié)和呈現(xiàn)。
　　第一章是概述，在總結(jié)“醫(yī)改”進展的基礎(chǔ)上.分析了進一步改革所面臨的主要挑戰(zhàn)和困難，提出了“醫(yī)改”今后一個階段的主要策略和政策。在此基礎(chǔ)上，又分別從幾個重要維度，提出了具體意見和建議。
　　第二章至第五章是基本公共衛(wèi)生服務(wù)均等化研究，本研究利用多學(xué)科方法，對基本公共衛(wèi)生服務(wù)均等化制度層面從各個維度進行了分析闡述；分析了確定基本公共衛(wèi)生服務(wù)包的標準、原則、內(nèi)容，并在此基礎(chǔ)上明確界定基本公共衛(wèi)生服務(wù)需要均等化的地區(qū)和領(lǐng)域；測算了基本公共衛(wèi)生服務(wù)均等化服務(wù)項目成本；探討了基本公共衛(wèi)生服務(wù)均等化籌資政策研究。利用山東和寧夏調(diào)查資料，對兩個不同經(jīng)濟發(fā)展區(qū)域開展和完善基本公共衛(wèi)生服務(wù)均等化制度提出了建議。
　　第六章是基層衛(wèi)生機構(gòu)能力和人力資源研究，此部分描述和分析了“醫(yī)改”以來基層醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)體系建設(shè)情況，包括資金投入、基本設(shè)施建設(shè)、人員隊伍建設(shè)等；調(diào)查和分析了基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)服務(wù)功能開展和人力資源能力狀況及其影響因素；通過與2008年研究結(jié)果比較，分析“醫(yī)改”以來基層衛(wèi)生服務(wù)體系建設(shè)與服務(wù)功能和人員能力變化之間的關(guān)系；提出了完善基層衛(wèi)生服務(wù)體系建設(shè)、加強基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)功能和人員能力的政策建議。
　　第七章至第九章是公立醫(yī)院研究，利用“退出一呼吁”理論為工具，綜合規(guī)范分析和實證分析的研究方法，研究了引進競爭和患者呼吁對醫(yī)院市場績效的影響。新“醫(yī)改”的著眼點主要集中于改善醫(yī)療機構(gòu)的外部制度環(huán)境。公立醫(yī)院實際上是其所處制度環(huán)境的應(yīng)對者，外部制度環(huán)境深刻影響著公立醫(yī)院的績效。探究公立醫(yī)院現(xiàn)存的諸多問題，追根溯源都在于醫(yī)院的外部治理。因此，改善醫(yī)院績效，必須要調(diào)整外部治理，從實質(zhì)上突破“醫(yī)改”瓶頸。
　　第十章至第十二章是國家基本藥物政策研究，主要內(nèi)容包括基本藥品供應(yīng)保障政策研究，基本藥物有效生產(chǎn)保障目標、藥品流通效率的提高、藥品采購標準，科學(xué)有效的基本藥品生產(chǎn)、流通和采購機制；基本藥品的價格政策研究，包括研究我國目前的藥品政府定價機制、政策環(huán)境、實施效果及影響因素，改革藥品價格形成機制，探索科學(xué)的藥品定價辦法；基本藥物的合理使用評價研究，研究基本藥物不合理使用的類型、程度和影響因素，提出有效提高藥品合理使用的干預(yù)性政策措施，并建立區(qū)域性的藥品合理使用監(jiān)測與評價網(wǎng)絡(luò)。
　　在附錄中，系統(tǒng)總結(jié)和呈現(xiàn)了典型國家和蘇東地區(qū)“醫(yī)改”基本情況。