本書包括緒論與各論兩大部分，共四章：緒論為第一章，扶正類中藥為第二章，祛邪類中藥為第三章，其它類為第四章。
緒論重點介紹食管癌本草現代藥理的一些基本概念、食管癌藥理學研究的常用方法介紹以及食管癌藥理學研究的常用實驗動物及特點等內容。
各論將用于治療食管癌的中藥分為扶正與祛邪兩大類，對于作用原理不明及其它難以分類的情況則歸為其它類。其中扶正類中藥依據傳統(tǒng)療效特點分為補氣藥、補陽藥、補血藥、滋陰藥、溫中藥、理氣或理氣健脾藥、化濕健脾藥、消食藥八類；祛邪類則分為清熱解毒藥、清熱瀉火藥、清熱燥濕藥、清熱涼血藥、清虛熱藥、解表藥、瀉下藥、祛風濕藥、化濕與利尿藥九類；其它類則是活血化瘀藥、止血藥等。每類歸為一節(jié)，收載藥物品種約8種（依據研究報道的具體藥味多少而有差異）。
每節(jié)首先對該類藥物在防治食管癌的研究上做一概述。每個品種單味藥的記載內容為本書的核心內容，包括本藥的藥名、基原（來源）、別名、性味歸經、功能主治、傳統(tǒng)用于噎膈的記載、化學成分（重點是活性成分）、藥理作用（包括抗食管癌藥理作用研究、用于其它癌癥或腫瘤的藥理作用研究及其它方面的藥理作用研究等），也包括應用中的注意事項、以及用于食管癌的現代應用舉例。
藥理作用研究的記載重點為防治食管癌的藥理作用研究，包括動物實驗、藥效學研究以及分子作用機制的研究與探討，高度關注了國內、外較新的研究進展