1644年3月，李自成大順軍攻占北京，崇禎皇帝朱由檢自縊煤山。位于浙南的溫州府由于與福建毗鄰，被深深地卷入到魯王、唐王（隆武）和鄭氏集團(tuán)與清軍的戰(zhàn)爭之中，此后禍亂迭起，溫州慘遭蹂躪達(dá)四十年之久。清軍收復(fù)臺灣后溫州迎來一個相對安定的歷史時期。至康熙晚期，大規(guī)模的水利興修使東部山麓平原和沿海平原的經(jīng)濟(jì)逐漸得到復(fù)蘇。山區(qū)的經(jīng)濟(jì)恢復(fù)和發(fā)展則更多地依賴自明末以來不斷遷入的福建移民。他們把高產(chǎn)美洲作物番薯、玉米的種植擴(kuò)展到貧瘠高寒的山區(qū)和沿海島嶼。大約在嘉慶朝，西部山區(qū)開發(fā)基本完成。溫州山區(qū)經(jīng)濟(jì)的開發(fā)和發(fā)展整體性地改變了溫州的經(jīng)濟(jì)格局。 由于長時期的承平和福建人口的持續(xù)的大規(guī)模遷入，溫州地區(qū)的人口呈現(xiàn)了膨脹式的快速增長，農(nóng)業(yè)開發(fā)空間基本喪失，人民生計艱辛。道光后富戶和貧民之間的矛盾日漸表面化和尖銳化，至咸豐朝終于爆發(fā)了瞿振漢起事和平陽瑞安的金錢會事件。 光緒初溫州開埠，西潮涌入。面臨歷史大變局，溫州士人紛紛思索應(yīng)對之道，陳虬、宋恕、陳黻宸以其遠(yuǎn)見卓識登上全國從政治舞臺和思想舞臺。溫州對全國性的政治文化運動也都有及時的呼應(yīng)。宣統(tǒng)三年（1911）九月，溫州府及所屬各縣紛紛光復(fù)，清朝在溫州的統(tǒng)治結(jié)束。