1644年3月，李自成大順軍攻占北京，崇禎皇帝朱由檢自縊煤山。位于浙南的溫州府由于與福建毗鄰，被深深地卷入到魯王、唐王（隆武）和鄭氏集團(tuán)與清軍的戰(zhàn)爭(zhēng)之中，此后禍亂迭起，溫州慘遭蹂躪達(dá)四十年之久。清軍收復(fù)臺(tái)灣后溫州迎來(lái)一個(gè)相對(duì)安定的歷史時(shí)期。至康熙晚期，大規(guī)模的水利興修使東部山麓平原和沿海平原的經(jīng)濟(jì)逐漸得到復(fù)蘇。山區(qū)的經(jīng)濟(jì)恢復(fù)和發(fā)展則更多地依賴(lài)自明末以來(lái)不斷遷入的福建移民。他們把高產(chǎn)美洲作物番薯、玉米的種植擴(kuò)展到貧瘠高寒的山區(qū)和沿海島嶼。大約在嘉慶朝，西部山區(qū)開(kāi)發(fā)基本完成。溫州山區(qū)經(jīng)濟(jì)的開(kāi)發(fā)和發(fā)展整體性地改變了溫州的經(jīng)濟(jì)格局。 由于長(zhǎng)時(shí)期的承平和福建人口的持續(xù)的大規(guī)模遷入，溫州地區(qū)的人口呈現(xiàn)了膨脹式的快速增長(zhǎng)，農(nóng)業(yè)開(kāi)發(fā)空間基本喪失，人民生計(jì)艱辛。道光后富戶(hù)和貧民之間的矛盾日漸表面化和尖銳化，至咸豐朝終于爆發(fā)了瞿振漢起事和平陽(yáng)瑞安的金錢(qián)會(huì)事件。 光緒初溫州開(kāi)埠，西潮涌入。面臨歷史大變局，溫州士人紛紛思索應(yīng)對(duì)之道，陳虬、宋恕、陳黻宸以其遠(yuǎn)見(jiàn)卓識(shí)登上全國(guó)從政治舞臺(tái)和思想舞臺(tái)。溫州對(duì)全國(guó)性的政治文化運(yùn)動(dòng)也都有及時(shí)的呼應(yīng)。宣統(tǒng)三年（1911）九月，溫州府及所屬各縣紛紛光復(fù)，清朝在溫州的統(tǒng)治結(jié)束。