目錄
第一篇.蛋白質(zhì)組信息學(xué)的基礎(chǔ)知識(shí)
第一章蛋白質(zhì)組與信息學(xué)1
第一節(jié)蛋白質(zhì)組和蛋白質(zhì)組學(xué)1
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)研究的意義4
第三節(jié)如何研究蛋白質(zhì)組學(xué)？5
第四節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用實(shí)例8
第五節(jié)蛋白質(zhì)的功能8
第六節(jié)蛋白質(zhì)組中的信息學(xué)10
第七節(jié)人類蛋白質(zhì)組學(xué)研究標(biāo)準(zhǔn)化計(jì)劃13
第八節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢(shì)16
第二章蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)方法和應(yīng)用18
第一節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)方法18
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)定量分析方法23
第三節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用28
第三章標(biāo)準(zhǔn)、本體與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析33
第一節(jié)本體的介紹33
第二節(jié)蛋白質(zhì)相關(guān)本體介紹40
第三節(jié)本體與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析52
第四章蛋白質(zhì)芯片58
第一節(jié)蛋白質(zhì)芯片基礎(chǔ)58
第二節(jié)蛋白質(zhì)芯片應(yīng)用76
第二篇.蛋白質(zhì)組的功能
第五章蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位的信息學(xué)83
第一節(jié)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位及其生物學(xué)意義83
第二節(jié)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位的數(shù)據(jù)資源86
第三節(jié)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)的算法、工具和應(yīng)用90
第四節(jié)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位信息學(xué)未來(lái)發(fā)展96
第六章分泌蛋白質(zhì)和膜蛋白的信息學(xué)100
第一節(jié)分泌蛋白質(zhì)概述100
第二節(jié)分泌蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)104
第三節(jié)信號(hào)肽剪切位點(diǎn)預(yù)測(cè)111
第四節(jié)分泌蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)112
第五節(jié)膜蛋白概述113
第六節(jié)跨膜螺旋拓?fù)漕A(yù)測(cè)115
第七節(jié)β桶狀跨膜蛋白拓?fù)漕A(yù)測(cè)120
第八節(jié)預(yù)測(cè)方法評(píng)價(jià)121
第九節(jié)膜蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)123
第七章糖蛋白和糖修飾的生物信息學(xué)127
第一節(jié)蛋白糖基化127
第二節(jié)聚糖制備和分析方法129
第三節(jié)糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)及鑒定140
第四節(jié)帶有聚糖完整糖肽分析141
第五節(jié)糖蛋白位點(diǎn)的分析145
第六節(jié)糖蛋白技術(shù)發(fā)展和未來(lái)趨勢(shì)147
第八章�；�化、甲基化和磷酸化等翻譯后修飾的信息學(xué)分析149
第一節(jié)蛋白質(zhì)翻譯后修飾簡(jiǎn)介149
第二節(jié)酰基化、甲基化和磷酸化等研究背景簡(jiǎn)介149
第三節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等位點(diǎn)分析152
第四節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等位點(diǎn)預(yù)測(cè)157
第九章新型組蛋白賴氨酸修飾的信息學(xué)160
第一節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾簡(jiǎn)介160
第二節(jié)琥珀酰化修飾164
第三節(jié)巴豆�；�修飾166
第四節(jié)丙二酰化修飾167
第五節(jié)戊二酰化修飾168
第六節(jié)其他新型賴氨酸修飾類型168
第七節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾的生物信息學(xué)方法169
第八節(jié)小結(jié)與展望176
第三篇　蛋白質(zhì)相互作用和演化
第十章蛋白質(zhì)相互作用的計(jì)算與分析177
第一節(jié)蛋白質(zhì)相互作用的概念177
第二節(jié)蛋白質(zhì)相互作用的鑒定178
第三節(jié)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析181
第四節(jié)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)應(yīng)用187
第五節(jié)本章小結(jié)194
第十一章結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)：算法與模型195
第一節(jié)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)介紹195
第二節(jié)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)199
第三節(jié)基于高通量數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)相互作用結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法201
第四節(jié)蛋白質(zhì)組的結(jié)構(gòu)建模205
第五節(jié)蛋白質(zhì)組的動(dòng)力學(xué)模型210
第六節(jié)結(jié)語(yǔ)213
第十二章新基因起源與蛋白質(zhì)組演化信息學(xué)214
第一節(jié)蛋白質(zhì)多樣性的來(lái)源——新基因214
第二節(jié)蛋白質(zhì)組功能演化和網(wǎng)絡(luò)演化220
第三節(jié)演化的選擇驅(qū)動(dòng)力225
第四篇　蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用
第十三章噬菌體展示技術(shù)及其在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用232
第一節(jié)噬菌體及其對(duì)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的影響232
第二節(jié)噬菌體展示技術(shù)及其應(yīng)用235
第三節(jié)噬菌體展示技術(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用245
第四節(jié)噬菌體展示相關(guān)生物信息學(xué)研究255
第五節(jié)小結(jié)260
第十四章基于蛋白質(zhì)組學(xué)的藥物設(shè)計(jì)261
第一節(jié)藥物發(fā)現(xiàn)261
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)261
第三節(jié)基于蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)266
第四節(jié)靶向蛋白質(zhì)–蛋白質(zhì)相互作用的藥物設(shè)計(jì)271
第五節(jié)靶向翻譯后修飾的藥物設(shè)計(jì)278
第六節(jié)小結(jié)282
第十五章固有無(wú)序蛋白質(zhì)組信息學(xué)283
第一節(jié)固有無(wú)序蛋白質(zhì)簡(jiǎn)介283
第二節(jié)固有無(wú)序蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)及預(yù)測(cè)軟件286
第三節(jié)固有無(wú)序蛋白質(zhì)的功能預(yù)測(cè)292
第十六章蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)和深度學(xué)習(xí)304
第一節(jié)基于質(zhì)譜的高通量蛋白質(zhì)組學(xué)304
第二節(jié)蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)的產(chǎn)生304
第三節(jié)蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的格式306
第四節(jié)蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)的深度學(xué)習(xí)應(yīng)用312
第五節(jié)小結(jié)316
第十七章蛋白質(zhì)受體配體結(jié)構(gòu)、功能與信息學(xué)318
第一節(jié)蛋白質(zhì)受體配體簡(jiǎn)介318
第二節(jié)蛋白質(zhì)受體配體數(shù)據(jù)庫(kù)318
第三節(jié)蛋白質(zhì)受體配體相互作用預(yù)測(cè)322
第四節(jié)蛋白質(zhì)受體配體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)328參考文獻(xiàn)333