本書共三編, 上編集中討論晚明佛教與其時宮廷政治的關系, 通過聚焦慈圣李太后奉佛及禮事高僧、崇禎帝在本土釋道與外來天主教之間的選擇、憨山德清乙未之獄、紫柏真可“妖書案”等事件。中編圍繞“方冊藏”的刊刻事業(yè), 展示高僧與奉佛士大夫之間的互動。下編則是探討晚明佛教的多種成色及其表現, 仍是以不同的個案, 展示這個時代信仰生活的多元特征。