1199年，源賴(lài)朝去世。源賴(lài)朝死后，幕府政權(quán)被他的妻子北條政子和岳父北條時(shí)政掌握。自此幕府政權(quán)中將軍成了擺設(shè)，實(shí)權(quán)則被北條氏世襲的執(zhí)權(quán)所領(lǐng)導(dǎo)。1219年，北條義時(shí)唆使源賴(lài)家遺子源公曉暗殺源實(shí)朝，隨后借此殺害源公曉，源氏家族絕嗣，北條政子成為統(tǒng)治者，并擁立與源氏有血緣關(guān)系的藤原賴(lài)經(jīng)為將軍。1221年，后鳥(niǎo)羽上皇策動(dòng)倒幕戰(zhàn)爭(zhēng)，史稱(chēng)承久之亂，但以失敗告終。

承久之亂后，公家政權(quán)開(kāi)始衰落，武士階層得到了前所未有的發(fā)展。但是鐮倉(cāng)幕府的穩(wěn)定局面沒(méi)有維持多久，中日兩國(guó)的元日戰(zhàn)爭(zhēng)加速了鐮倉(cāng)幕府的衰退與覆滅，并加深了公家與武家的裂痕。1318年，后醍醐天皇即位，決心恢復(fù)皇室權(quán)威，廢黜院政，開(kāi)始親征。1331年，后醍醐天皇再次密謀倒幕，后被幕府軍打敗，史稱(chēng)元弘之亂，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕運(yùn)動(dòng)失敗。 1333年，各地豪族都開(kāi)始倒幕，幕府派足利高氏（足利尊示）前去平亂，足利高氏早已不滿(mǎn)北條氏專(zhuān)制政權(quán)，途中倒戈，攻下了鐮倉(cāng)，后一代執(zhí)權(quán)北條高時(shí)自殺，鐮倉(cāng)幕府滅亡。后醍醐天皇退位后敗走吉野，日本進(jìn)入南北朝時(shí)期。

公元1336年，足利高氏建立政權(quán)，是為早的室町幕府。室町幕府直到第三代將軍足利義滿(mǎn)的時(shí)候才逐漸穩(wěn)定下來(lái)。1392年，足利義滿(mǎn)統(tǒng)一南北朝。足利義滿(mǎn)重視對(duì)于寺社和地方守護(hù)的打壓，對(duì)過(guò)于強(qiáng)大的地方勢(shì)力給予嚴(yán)厲的壓制。這一定程度上減弱了幕府的外部威脅，但并不能阻止內(nèi)部隱患的產(chǎn)生。1467年，圍繞將軍繼承問(wèn)題，細(xì)川氏與山名氏兩大派系的朋黨傾軋達(dá)到了，后直接訴諸武力，史稱(chēng)應(yīng)仁之亂。應(yīng)仁之亂后，各地大名看準(zhǔn)了這個(gè)能夠成為天下人的契機(jī)紛紛起兵，意圖在亂世中一展身手，戰(zhàn)國(guó)時(shí)代來(lái)臨了。