本書的主要內容是法國巴黎的小學生能能來北京參加國際青少年古代建筑與環(huán)保調研活動，與北京高中生慧慧搭伴考察舉世聞名的古代雄偉建筑——中國的萬里長城。
兩人在考察水關長城時，意外墜入了古老的地下秘密暗河。他們在波浪翻滾的暗河中勇敢漂流，遇到了上億年前的恐龍和很多遠古珍奇動物，并進入了遠古秘密水系，找出了動物生病的原因。返回水關長城后，兩位主人公與科學家、環(huán)保工作者共同努力，解決了遠古水系的污染問題。