在學(xué)科邏輯的背景下，以大學(xué)科群或者大學(xué)科門類為基石構(gòu)建學(xué)院，以二級學(xué)科為單位建立系，同時可以以前瞻性的學(xué)科為基礎(chǔ)成立特色學(xué)院；在管理邏輯的背景下，要強調(diào)院系相對獨立的實體性地位，合理分配學(xué)校、學(xué)院以及系的權(quán)力，堅持以學(xué)術(shù)權(quán)力為主導(dǎo)性力量。在學(xué)科邏輯與管理邏輯的雙重作用下，研究型大學(xué)的院系學(xué)術(shù)組織運作機制需要關(guān)注院系的用人機制、財務(wù)機制以及儀器設(shè)備共享機制的建立與效率提升。北京師范大學(xué)的校中校模式、浙江大學(xué)的學(xué)部制以及華中科技大學(xué)不斷完善的學(xué)院制是當(dāng)前我國研究型大學(xué)院系學(xué)術(shù)設(shè)置改革的三種典型模式。三種模式都非常關(guān)注學(xué)科的中心地位，但是，總體說來院系中學(xué)科的寬窄度、關(guān)聯(lián)度和認受度還不理想，學(xué)院數(shù)量過多、學(xué)科容量過小以及學(xué)科結(jié)構(gòu)失調(diào)；還由于不合理的資源分配與激勵方式的存在，院系設(shè)置異化為一種利益分配行為，所以院系學(xué)術(shù)組織的設(shè)置還存在盲目從眾與攀比以及同質(zhì)化競爭等現(xiàn)象。