自乾隆五十三年，至同治十三年，福建大員輪值巡臺制度實際執(zhí)行八十六年問，一般有兩種情況福建大員才肯輪值巡臺：一是輪值之年循例巡臺，其職責(zé)主要有查察官吏、出具考語，巡閱營武，稽查地方民情等；更多的則是因事巡臺，如遇有海盜、發(fā)生民變、分類械斗、番界紛爭等，福建大員奉命追剿海盜、平定民變、彈壓械斗、招墾番地。據(jù)統(tǒng)計這八十六年問，共有福州將軍三十四人，三十五任，三人巡臺；閩浙總督（福建總督）四十八人，四十八任，六人巡臺；福建巡撫三十一人，三十四任，三人巡臺；福建陸路提督二十六人，二十六任，五人巡臺；福建水師提督二十七人，二十七任，十一人巡臺。共有二十七人，三十二次巡臺，其中，有六人兩次巡臺。其朝代分布為：乾隆朝三人次，嘉慶朝七人次，道光朝十三人次，咸豐朝0人次，同治朝六人次。另有光緒元年至十一年駐臺閩撫七人。
無論是循例巡臺，還是因事巡臺，每遇輪值巡臺之期，一般是由福建督撫奏明朝廷，說明巡臺緣由、巡臺大員、巡臺日期。而巡臺大員從離開福建衙署到巡臺結(jié)束回署，必將其所見所聞一一奏報，因此留下大量珍貴文獻(xiàn)。《中央政府管理臺灣歷史文獻(xiàn)叢編：清代福建大員巡臺奏折（套裝全2冊）》依據(jù)海峽兩岸宮藏檔案，整理福建大員輪值巡臺和閩撫駐臺（光緒元年至十一年）奏摺，并按照參與輪值巡臺或駐臺的福建大員之官職分為福州將軍巡臺奏摺、福建督撫巡臺奏摺、福建水陸提督巡臺奏摺，及其他巡臺奏摺，共四卷、四百七十一份。