《秘密圖紙》的故事發(fā)生在20世紀60年代初，科技專家李化在廣州火車站不慎將裝有秘密圖紙的公文包丟失，公安局女偵察員石云接受了偵破任務。在案件發(fā)生的第二天，老中醫(yī)古仲儒和他的學生金大夫?qū)�撿到的公文包送還失主。包里的糧票和錢雖已不見，但圖紙卻完好無損。丁局長和石云經(jīng)過分析，斷定圖紙已被拍過照。此時石云的丈夫、軍區(qū)保衛(wèi)干事陳亮反映，他奉命結(jié)識的那個可疑的音樂工作者方麗，最近突然活動頻繁起來。石云在群眾的幫助下得到了作案人、某酒店廚師葉長謙的不少線索。當葉長謙與方麗在酒店門前接頭時，古仲儒認出葉就是扔公文包的人，并將其扭送到公安局。但陳亮反映方麗仍在積極活動，經(jīng)分析，石云斷定方麗背后一定有人指使。根據(jù)各種情況來看，背后的操縱者很可能就是古仲儒，于是，公安局作了周密的布置。不久，方麗借姐姐病危，要陳亮開車送她和古仲儒到深圳。途中，古仲儒甩掉陳亮，企圖偷渡出境，卻被早已埋伏在那里的石云等公安人員逮捕，并獲得了確鑿的證據(jù)。