《代號D機關(guān)Ⅲ》講述了在“魔王”結(jié)城中校的主持下，日本陸軍內(nèi)部成產(chǎn)了間諜培訓學校“D機關(guān)”。在這里，所有成員都被灌輸了與武士精神相悖的最高原則：不許殺人，不許自殺！這樣的組織自然成為各方勢力的眼中釘，然而結(jié)城以他魔術(shù)師般的高超手段，交出了令人瞠目結(jié)舌的諜戰(zhàn)成績單。
　　此時，一個試圖挖掘結(jié)城真實身份的男人出現(xiàn)了。他是英國泰晤士報的遠東特派員阿隆·普萊斯�？墒�，結(jié)城宛如幽靈一樣，沒有留下任何足跡。某一天，普萊斯由一個意外的發(fā)現(xiàn)開始，逐漸了解了結(jié)城令人意外的成長史……
　　巴黎、東京、新加坡、夏威夷，貫穿四地、緊張刺激的諜戰(zhàn)大戲再次展開。