本書以化學(xué)信息資源檢索和化學(xué)結(jié)構(gòu)信息可視化為重點，強調(diào)現(xiàn)代數(shù)據(jù)庫檢索技術(shù)的使用，全面介紹了化學(xué)信息與數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)知識、常用文摘數(shù)據(jù)庫、常用全文數(shù)據(jù)庫、常用電子期刊、特種信息資源、常用化學(xué)事實數(shù)據(jù)庫及文獻數(shù)據(jù)的管理等內(nèi)容。另外，書中還重點介紹了化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化、分子模型的構(gòu)建及著名的分子圖形軟件的使用。
化學(xué)信息學(xué)是一門化學(xué)、化工與信息科學(xué)、計算機科學(xué)交叉的新興學(xué)科，它采用信息學(xué)方法來解決化學(xué)問題。由于計算機和網(wǎng)絡(luò)已經(jīng)廣泛應(yīng)用到各個化學(xué)研究領(lǐng)域，許多化學(xué)研究學(xué)科都與化學(xué)信息密切關(guān)聯(lián)。大量的傳統(tǒng)學(xué)科與信息科學(xué)結(jié)合發(fā)展成為新興的交叉學(xué)科，共同構(gòu)成了信息化社會的基礎(chǔ)。近年來，借助于計算機和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，在化學(xué)實驗中使用大量的新儀器和新方法，從而得到了大量的實驗數(shù)據(jù)。信息的急劇膨脹與人們有限的學(xué)習(xí)時間及吸收能力形成了巨大的矛盾，反過來又要求使用計算機和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)對海量信息進行高速和精確的處理和利用，對化學(xué)信息處理提出更高和更迫切的要求，以達到產(chǎn)生和處理的相對平衡�；瘜W(xué)信息的收集、處理、管理和利用，必不可少地要借助信息學(xué)的方法和技術(shù)。于是，化學(xué)信息學(xué)隨著計算機在化學(xué)中的廣泛應(yīng)用和化學(xué)信息網(wǎng)絡(luò)化的不斷發(fā)展而引起化學(xué)家的廣泛關(guān)注和高度重視。今天，化學(xué)信息學(xué)已經(jīng)成為藥物和生命科學(xué)研究不可缺少的熱門工具。
正由于人們認(rèn)識到化學(xué)信息學(xué)對于現(xiàn)代化學(xué)研究的重要性，近年來國外部分大學(xué)正嘗試在化學(xué)教育中系統(tǒng)地增加化學(xué)信息學(xué)課程。化學(xué)信息學(xué)的發(fā)展將推動傳統(tǒng)的化學(xué)教育模式的改革。2003年德國的Johann Gasteiger 和 Thomas Engel 出版了“Chemoinformatics A Textbook”一書，該教科書系統(tǒng)、全面、深入淺出地介紹了化學(xué)信息學(xué)的各個研究領(lǐng)域，及其研究現(xiàn)狀和今后的發(fā)展動向。2004年，梁逸曾等將該書翻譯成中文版，即《化學(xué)信息學(xué)教程》，由化學(xué)工業(yè)出版社出版。在國內(nèi)，化學(xué)信息學(xué)的教學(xué)已經(jīng)引起了高度重視，我國教育部化學(xué)類專業(yè)教學(xué)指導(dǎo)分委員會已將化學(xué)信息學(xué)列入高等學(xué)�；瘜W(xué)類專業(yè)的化學(xué)教學(xué)基本內(nèi)容。目前，已經(jīng)有多所大學(xué)都已開設(shè)化學(xué)信息學(xué)或相關(guān)的課程，并出版了數(shù)種化學(xué)信息學(xué)教材。
化學(xué)信息學(xué)作為一門新的教學(xué)課程，其課程的要求、內(nèi)容、教學(xué)方式和教材等是課程建設(shè)的一項新任務(wù)。國外化學(xué)信息學(xué)的教學(xué)側(cè)重于專業(yè)方向教學(xué)，交叉性強，涵蓋廣。在國內(nèi)，化學(xué)信息學(xué)作為化學(xué)系各專業(yè)方向的必修課程之一，由于課時的限制，其教學(xué)內(nèi)容多側(cè)重于化學(xué)文獻學(xué)，其他的相關(guān)內(nèi)容多分別歸屬于另外的課程，并已經(jīng)另有專著出版。本書以化學(xué)信息資源檢索和化學(xué)結(jié)構(gòu)信息可視化為重點，強調(diào)現(xiàn)代數(shù)據(jù)庫檢索技術(shù)的使用，全面地介紹了數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)知識、常用文摘數(shù)據(jù)庫、常用全文數(shù)據(jù)庫、常用電子期刊、特種信息資源和常用化學(xué)事實數(shù)據(jù)庫等內(nèi)容。另外，本書重點介紹了化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化、分子模型的構(gòu)建及著名的分子圖形軟件的使用。為了教學(xué)的需要，本書也介紹了重要的印刷類化學(xué)文獻信息。
本書內(nèi)容新穎，所介紹的應(yīng)用軟件大多是目前的最新版本，包括 Chem3D 12.0、ChemDraw 12.0、HyperChem 7.52、Reference Manager 11、EndNote x、DS ViewerPro 5.0和GaussView 5.0等功能強大的著名軟件。在本書所介紹的內(nèi)容中，Reference Manager和EndNote是著名的文獻管理軟件，Reaxys是著名的數(shù)據(jù)庫檢索平臺，而DS ViewerPro和HyperChem均是優(yōu)秀的三維分子圖形軟件。對它們的使用，目前鮮有詳細(xì)和全面的介紹。另外，本書詳細(xì)介紹了SciFinder和Web of Science的使用。多數(shù)高等院校師生可方便地使用本書所介紹的大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫、電子期刊和分子圖形軟件。本書具有較強的實用性和普及性，可作為高等院校的化學(xué)、化工和材料及相關(guān)專業(yè)本科生、研究生的教材，也可作為科學(xué)研究工作者、專業(yè)技術(shù)人員和圖書情報工作者了解掌握信息檢索與管理的學(xué)習(xí)參考。
本書在編寫過程中部分內(nèi)容由廈門大學(xué)化學(xué)系周朝暉教授、李耀群教授參與，也得到化學(xué)工業(yè)出版社編輯的熱心支持和大力幫忙，在此表示衷心的感謝。由于時間短促，書中難免存在遺漏和不妥之處，敬請讀者批評和指正。
編者
2017年3月
第一章化學(xué)信息概論1
第一節(jié)化學(xué)信息與化學(xué)信息學(xué)1
一、化學(xué)信息學(xué)的產(chǎn)生和發(fā)展1
二、化學(xué)信息學(xué)的研究領(lǐng)域2
三、信息資源檢索的意義與作用3
四、化學(xué)信息學(xué)的課程內(nèi)容4
第二節(jié)電子信息和數(shù)據(jù)庫5
一、電子信息5
二、數(shù)據(jù)庫6
三、在線化學(xué)數(shù)據(jù)庫9
第三節(jié)信息檢索的方法和步驟13
一、信息檢索方法13
二、信息檢索效果的評價14
三、信息檢索技術(shù)16
四、信息檢索步驟18
第二章印刷類化學(xué)文獻信息25
第一節(jié)圖書分類法簡介25
一、圖書館的重要地位和作用25
二、圖書館圖書的分類系統(tǒng)25
第二節(jié)重要工具書、專著和大全28
一、工具書28
二、專著和大全31
第三節(jié)重要化學(xué)期刊簡介33
一、綜合性自然科學(xué)期刊34
二、化學(xué)學(xué)科綜合性期刊34
三、專業(yè)性化學(xué)期刊35
四、綜論類期刊38
第四節(jié)化學(xué)文摘(Chemical Abstracts)39
一、CA類目40
二、文摘編排順序和格式41
三、文摘著錄內(nèi)容和格式42
四、CA中的索引44
五、CA檢索的注意事項48
第三章常用文摘數(shù)據(jù)庫52
第一節(jié)科學(xué)引文索引(SCI)52
一、科學(xué)引文索引簡介52
二、科學(xué)引文索引的檢索體系53
三、學(xué)術(shù)水平的評價54
四、中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫58
第二節(jié)Web of Science 數(shù)據(jù)庫58
一、Web of Knowledge平臺58
二、Web of Science數(shù)據(jù)庫簡介62
三、Web of Science數(shù)據(jù)庫檢索62
四、檢索結(jié)果及處理69
第三節(jié) Chemical Abstract數(shù)據(jù)庫72
一、化學(xué)文摘社(CAS)72
二、CA網(wǎng)絡(luò)版(SciFinder Scholar)數(shù)據(jù)庫74
第四節(jié)EI Village數(shù)據(jù)庫83
一、數(shù)據(jù)庫簡介83
二、數(shù)據(jù)庫檢索84
三、檢索結(jié)果及處理87
第四章常用全文數(shù)據(jù)庫92
第一節(jié)ProQuest數(shù)據(jù)庫92
一、數(shù)據(jù)庫簡介92
二、數(shù)據(jù)庫檢索93
三、檢索結(jié)果及處理94
第二節(jié)EBSCO數(shù)據(jù)庫95
一、數(shù)據(jù)庫簡介95
二、數(shù)據(jù)庫檢索96
三、檢索結(jié)果及處理98
第三節(jié)ScienceDirect數(shù)據(jù)庫99
一、數(shù)據(jù)庫簡介99
二、期刊/書籍瀏覽100
三、數(shù)據(jù)庫檢索100
四、檢索結(jié)果及處理102
第四節(jié)中國期刊全文數(shù)據(jù)庫103
一、數(shù)據(jù)庫簡介103
二、文獻分類目錄104
三、數(shù)據(jù)庫檢索105
四、檢索結(jié)果及處理107
第五章常用電子期刊111
第一節(jié)SpringerLink111
一、概述111
二、瀏覽111
三、檢索方法111
四、檢索結(jié)果及處理112
第二節(jié)Wiley Online113
一、概述113
二、瀏覽114
三、檢索方法115
四、檢索結(jié)果及處理116
第三節(jié)American Chemical Society118
一、概述118
二、瀏覽119
三、檢索方法120
四、檢索結(jié)果及處理120
第四節(jié)Royal Society of Chemistry121
一、概述121
二、瀏覽122
三、檢索方法122
四、檢索結(jié)果及處理123
第五節(jié)American Institute of Physics124
一、概述124
二、瀏覽124
三、檢索方法125
四、檢索結(jié)果及處理125
第六章特種信息資源128
第一節(jié)專利數(shù)據(jù)庫128
一、專利基礎(chǔ)128
二、中國專利數(shù)據(jù)庫130
三、美國專利數(shù)據(jù)庫131
四、歐洲專利數(shù)據(jù)庫136
五、專利搜索引擎-Google Patent(谷歌專利)138
第二節(jié)會議文獻檢索(Proceedings)139
一、會議文獻概述139
二、會議錄引文索引(Conference Proceedings Citation Index)140
三、中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫141
第三節(jié)學(xué)位論文檢索141
一、PQDT博碩士學(xué)位論文數(shù)據(jù)庫142
二、CALIS學(xué)位論文庫143
三、中國博士學(xué)位論文和優(yōu)秀碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫145
第四節(jié)Reference Manager的使用145
一、RM簡介145
二、文獻數(shù)據(jù)的導(dǎo)入145
三、RM的檢索147
四、RM與Word的結(jié)合使用148
第五節(jié)EndNote的使用151
一、EndNote簡介151
二、EndNote文獻庫的操作152
三、EndNote文獻數(shù)據(jù)的導(dǎo)入153
四、EndNote的在線檢索155
五、EndNote與Word的結(jié)合使用157
第七章常用化學(xué)事實數(shù)據(jù)庫162
第一節(jié)Reaxys數(shù)據(jù)庫162
一、數(shù)據(jù)庫簡介162
二、檢索程序界面163
三、數(shù)據(jù)庫檢索(Query)164
四、檢索結(jié)果及處理165
五、應(yīng)用實例166
第二節(jié)NIST Chemistry WebBook169
一、數(shù)據(jù)庫簡介169
二、數(shù)據(jù)庫檢索170
三、檢索結(jié)果及處理171
第三節(jié)谷歌學(xué)術(shù)搜索(Google Scholar)173
一、概述173
二、檢索方法173
三、檢索結(jié)果174
第四節(jié)科學(xué)搜索引擎(Scirus)175
一、概述175
二、檢索方法175
三、檢索結(jié)果及處理177
第五節(jié)ChemFinder178
一、概述178
二、檢索方法179
三、檢索結(jié)果179
第八章化學(xué)結(jié)構(gòu)的可視化181
第一節(jié)化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化181
一、化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示181
二、二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化182
三、三維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化183
四、大分子化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化185
五、分子表面的顯示187
六、化學(xué)結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)表示188
第二節(jié)ISIS/Draw的使用192
一、簡介192
二、操作界面192
三、分子結(jié)構(gòu)圖的繪制194
四、電子轉(zhuǎn)移和原子特征的表示195
五、化學(xué)反應(yīng)式的繪制196
六、其他功能196
第三節(jié)ChemDraw的使用197
一、簡介197
二、操作界面198
三、二維分子結(jié)構(gòu)的繪制202
四、其他功能206
第九章三維分子模型設(shè)計209
第一節(jié)分子力學(xué)和分子建模209
一、分子力學(xué)基本原理209
二、分子力場參數(shù)化212
三、三維分子模型的構(gòu)建213
第二節(jié)DS ViewerPro的使用214
一、簡介214
二、操作界面215
三、分子模型的繪制218
四、分子模型的顯示218
五、其他功能221
第三節(jié)Chem3D的使用224
一、簡介224
二、操作界面224
三、分子模型的操作228
四、分子構(gòu)建230
五、分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的測定232
六、分子的計算233
七、分子表面和分子軌道圖形的顯示234
第四節(jié)HyperChem的使用235
一、簡介235
二、工具欄的使用236
三、菜單命令237
四、使用實例257
第五節(jié)GaussView的使用259
一、簡介259
二、操作界面260
三、分子模型的操作264
四、分子模型的構(gòu)建265
五、分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的測定268
六、分子的計算269
七、計算結(jié)果的顯示269
參考文獻274
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