微生物資源開(kāi)發(fā)始終是不同領(lǐng)域應(yīng)用微生物學(xué)家的一項(xiàng)重要任務(wù)，一個(gè)永恒的課題。因?yàn)榭倳?huì)有新的需求要向自然界索取�，F(xiàn)今用于人類(lèi)健康、工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的所有菌種都是過(guò)去資源開(kāi)發(fā)的成果。
　　現(xiàn)在，由于人類(lèi)賴(lài)以生存的環(huán)境條件遭受到嚴(yán)重破壞，我們又面臨著一項(xiàng)新的微生物資源開(kāi)發(fā)任務(wù)，那就是尋找和挖掘修復(fù)被污染環(huán)境的生物資源，主要是微生物類(lèi)群——真細(xì)菌域和古生菌域微生物，因?yàn)樗鼈兙哂凶疃鄻拥拇�謝類(lèi)型，多樣性核外可移動(dòng)遺傳因子，賦予它們極大的遺傳變異性。它們是地球上物種數(shù)最多的類(lèi)群，所蘊(yùn)含的生物資源仍難以估量。
　　如何尋找和挖掘我們需要的微生物資源？又如何進(jìn)行微生物菌種開(kāi)發(fā)？
　　自20世紀(jì)90年代中期，隨著嗜血流感桿菌基因組測(cè)序完成，此后在短短30年時(shí)間里完成了包括人類(lèi)在內(nèi)的上千種生物基因組的全序列分析，積累了海量的生物信息，進(jìn)入了生物信息學(xué)時(shí)代，使分子生物學(xué)家具有了綜合利用生物信息學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)跨域改造生物的能力——獲得具新特性、產(chǎn)生新的對(duì)人類(lèi)有用的生物產(chǎn)品能力。而事實(shí)也確實(shí)如此：如對(duì)大腸桿菌進(jìn)行分子改造，使它成為為我們產(chǎn)生多種生物活性物質(zhì)的平臺(tái)（如利用大腸桿菌生產(chǎn)胰島素）；通過(guò)轉(zhuǎn)基因改變目標(biāo)生物的某一特定性狀，使之成為具新特性的生物品種（如轉(zhuǎn)基因生物）；也可以通過(guò)精準(zhǔn)分子育種構(gòu)建高產(chǎn)菌株；代謝工程或稱(chēng)為基因組工程技術(shù)，在選定的受體菌中，建立一條新的代謝途徑，用來(lái)產(chǎn)生目標(biāo)產(chǎn)品；以及模塊組合生物合成等重要的應(yīng)用成就等。而這還只是生物信息學(xué)時(shí)代的開(kāi)始。
　　然而，這只是生物信息學(xué)時(shí)代生物資源利用的一個(gè)方面，而另一重要課題是對(duì)未知微生物資源的開(kāi)發(fā)和利用。據(jù)估計(jì)地球上有約200萬(wàn)種原核生物，自20世紀(jì)90年代開(kāi)始，科學(xué)家綜合采用多種分子生物學(xué)新技術(shù)、新方法，開(kāi)展未知微生物類(lèi)群的研究，其結(jié)果已證明微生物在生物圈中所起的核心作用。預(yù)期將來(lái)對(duì)不同生境的微生物群的開(kāi)發(fā)研究將是生物信息學(xué)研究的一個(gè)重要方向。
　　在現(xiàn)實(shí)應(yīng)用上，如何提高已用于生產(chǎn)的生物資源生產(chǎn)能力，尤其是數(shù)百以至上千基因決定的產(chǎn)物產(chǎn)量有關(guān)的特性，仍難以以精準(zhǔn)的分子育種技術(shù)解決，對(duì)這些特性的改進(jìn)，仍必須要以生物整體為工作對(duì)象進(jìn)行操作，這就是常規(guī)育種。
　　生物的常規(guī)育種的理論基礎(chǔ)是扎根于經(jīng)典遺傳學(xué)發(fā)展的全過(guò)程之中的。據(jù)估計(jì)，現(xiàn)在大約99%的用于生產(chǎn)的動(dòng)植物品種和微生物的高產(chǎn)菌株，都是采用常規(guī)育種的方法和技術(shù)育成的，而且至今這種成功的實(shí)例仍在不斷增加，如袁隆平的雜交水稻等，可見(jiàn)常規(guī)育種在生物品種改良中的重要性和不可替代性。
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