分子克隆實(shí)驗(yàn)指南(第四版)(上中下冊(cè))
定 價(jià):598 元
叢書名:普通高等教育“十三五”規(guī)劃教材普通高等院校工程實(shí)踐系列規(guī)劃教材
- 作者:著; 陳薇,楊曉明 譯; [美]M.R.格林,J.薩姆布魯克 編;
- 出版時(shí)間:2017/3/1
- ISBN:9787030519979
- 出 版 社:科學(xué)出版社
- 中圖法分類:Q523-33
- 頁碼:
- 紙張:膠版紙
- 版次:1
- 開本:128開
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分子克隆技術(shù)30多年來一直是全球生命科學(xué)領(lǐng)域?qū)嶒?yàn)室專業(yè)技術(shù)的基礎(chǔ)。冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版的《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》一書擁有的可靠性和*性,使本書成為業(yè)內(nèi)*流行、*具影響力的實(shí)驗(yàn)室操作指南。第四版的《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》保留了之前版本中備受贊譽(yù)的細(xì)節(jié)和準(zhǔn)確性,10個(gè)原有的核心章節(jié)經(jīng)過更新,反映了標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)的發(fā)展和創(chuàng)新,并介紹了一些前沿的操作步驟。同時(shí)還修訂了第三版中的核心章節(jié),以突出現(xiàn)有的核酸制備和克隆、基因轉(zhuǎn)移及表達(dá)分析的策略和方法,并增加了12個(gè)新章節(jié),專門介紹*激動(dòng)人心的研究策略,包括利用 DNA 甲基化技術(shù)和染色質(zhì)免疫沉淀的表觀遺傳學(xué)分析、RNAi、新一代測(cè)序技術(shù),以及如何處理數(shù)據(jù)生成和分析的生物信息學(xué),例如介紹了分析工具的使用,如何比較基因和蛋白質(zhì)的序列,鑒定多個(gè)基因的常見表達(dá)模式等。本書還保留了必不可少的附錄:包括試劑和緩沖液、常用技術(shù)、檢測(cè)系統(tǒng)、一般安全原則和危險(xiǎn)材料。任何使用分子生物學(xué)技術(shù)的基礎(chǔ)研究實(shí)驗(yàn)室都將因擁有一冊(cè)《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》而受益。本書可作為學(xué)習(xí)遺傳學(xué)、分子細(xì)胞生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、微生物學(xué)、神經(jīng)科學(xué)和免疫學(xué)等學(xué)科的重要指導(dǎo),可供生物學(xué)、醫(yī)藥衛(wèi)生,以及農(nóng)、林、牧、漁、檢驗(yàn)檢疫等方面的科研、教學(xué)與技術(shù)人員參考。
Originally published in English as Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Fourth Edition, by MichaelR.Green and Joseph Sambrook 2012 Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NewYork, USA 2017 Science Press. Print in China.Authorized Simplified Chinese translation of the English edition 2012 Cold Spring Harbor LaboratoryPress. This translation is published and sold by permission of Cold Spring Harbor Laboratory Press, the owner of all rights to publish and sell the same.
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*第四版修訂了第三版中的核心章節(jié),以突出現(xiàn)有的核酸制備和克隆、基因轉(zhuǎn)移及表達(dá)分析的策略和方法等內(nèi)容。同時(shí)還增加了12個(gè)新章節(jié),專門介紹*激動(dòng)人心的研究策略,包括利用DNA甲基化技術(shù)和染色質(zhì)免疫沉淀的表觀遺傳學(xué)分析、RNAi、新一代測(cè)序技術(shù)以及如何處理數(shù)據(jù)生成和分析生物信息學(xué)等。
第四版前言
人類和模式生物全基因組序列的獲得對(duì)各領(lǐng)域生物學(xué)家現(xiàn)有的科研方式產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響。對(duì)浩瀚的基因圖譜的探索需要開發(fā)多種新的實(shí)驗(yàn)技術(shù)和方法,傳統(tǒng)的克隆手冊(cè)必然會(huì)過時(shí),已建立的方法也會(huì)被淘汰,這都是《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》一書全新版本問世的主要推動(dòng)力。在準(zhǔn)備《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》(第四版)的初期,我們進(jìn)行了全面的回顧來決定哪些舊材料應(yīng)被保留,哪些新材料需要補(bǔ)充,難的是,哪些材料應(yīng)該被刪除。在回顧過程中,許多科學(xué)家提出了寶貴的建議,他們的名字在下一頁的致謝中列出,我們對(duì)他們深表感激。僅是一本實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)當(dāng)然不可能涵蓋所有的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)方法,所以必須從中做出選擇,有時(shí)是艱難的選擇。我們猜測(cè)對(duì)于其中一部分選擇,有些人會(huì)提出異議。然而我們的兩個(gè)指導(dǎo)原則是:第一,《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》是以核酸為中心的實(shí)驗(yàn)室手冊(cè),因而總體上我們沒有選取非直接涉及 DNA或 RNA的實(shí)驗(yàn)方法。所以,盡管本書中有分析蛋白質(zhì)之間相互作用的酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)操作的章節(jié),但并不包括許多其他的不直接涉及核酸的蛋白質(zhì)間相互作用研究方法。第二,本著 John Lockean為盡可能多的人們做多的善事的思想,我們嘗試囊括盡可能多的廣泛用于分子和細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室的以核酸為基礎(chǔ)的方法。對(duì)我們而言,較為困難的任務(wù)是決定哪些材料應(yīng)該被刪除,而這個(gè)任務(wù)在與冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社協(xié)商之后難度大大降低,他們同意把較陳舊的方法放在冷泉港方案網(wǎng)站上
(www.cshprotocols.org),方便大家免費(fèi)獲取。
由于新實(shí)驗(yàn)方法的激增,由一個(gè)人(甚至兩個(gè)人)*撰寫所有相關(guān)的實(shí)驗(yàn)方法是根本不現(xiàn)實(shí)的。因此,與前一版《分子克隆》大的不同是組織了眾多領(lǐng)域內(nèi)的專家們來撰寫指定章節(jié),提供指定方案。沒有他們這些科學(xué)家的熱心參與,本書不可能呈獻(xiàn)給大家。自第三版《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》后,各種商業(yè)化試劑盒層出不窮,這是一把雙刃劍。一方面,試劑盒提供了極大的便利,尤其用于個(gè)別實(shí)驗(yàn)室非常規(guī)的實(shí)驗(yàn)操作;另一方面,試劑盒可能經(jīng)常太過便利,使得使用者在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí)并不理解方法背后的原理。我們提供商業(yè)化試劑盒列表,并描述它們?nèi)绾喂ぷ,嘗試解決這一矛盾。許多人對(duì)《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》(第四版)的出版發(fā)揮著重要的作用,我們對(duì)他們表示由衷的感謝。Ann Boyle幫助《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》(第四版)起步,在項(xiàng)目早期也承擔(dān)了
關(guān)鍵的組織角色,后來,她的任務(wù)由其得力助手 Alex Gann接手。Sara Deibler在《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》(第四版)所有時(shí)期的各個(gè)方面都做出了貢獻(xiàn),尤其是協(xié)助撰寫、編輯和校對(duì)。
Monica Aalani對(duì)第 9章的內(nèi)容和撰寫做出了極大的貢獻(xiàn)。我們特別感謝冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社員工的熱情支持以及卓越合作和包容,尤其是JanArgentine,她負(fù)責(zé)整個(gè)項(xiàng)目并把關(guān)財(cái)務(wù)。感謝我們的項(xiàng)目經(jīng)理 Maryliz Dickerson、項(xiàng)目編輯Kaaren Janssen、Judy Cuddihy和Michael Zierler,制作經(jīng)理Denise Weiss,制作編輯KathleenBubbeo,當(dāng)然還有冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社的幕后智囊 John Inglis。Michael R. Green
Joseph Sambrook
目錄
上冊(cè)
第1章 DNA的分離及定量 1
導(dǎo)言 2
方案1 SDS堿裂解法制備質(zhì)粒DNA:少量制備 9
方案2 SDS堿裂解法制備質(zhì)粒DNA:大量制備 12
方案3 從革蘭氏陰性菌(如Ecolz中分離DNA 15
方案4 乙醇法沉淀DNA 17
方案5 異丙醇法沉淀DNA 21
方案6 用微量濃縮機(jī)進(jìn)行核酸的濃縮和脫鹽 22
方案7 丁醇抽提法濃縮核酸 23
方案8 聚乙二醇沉淀法制備Ml3噬菌體單鏈DNA 24
方案9 Ml3噬菌體鋪平板 27
方案10 Ml3噬菌體液體培養(yǎng) 30
方案11 Ml3噬菌體雙鏈(復(fù)制型)DNA的制備 32
方案12 利用有機(jī)溶劑分離純化高分子質(zhì)量DNA 35
方案13 用蛋白酶K和苯酚從哺乳動(dòng)物細(xì)胞中分離高分子質(zhì)量DNA 37
方案14 一步法同時(shí)提取細(xì)胞或組織中的DNA、RNA和蛋白質(zhì) 43
方案15 從鼠尾或其他小樣本中制備基因組DNA 46
替代方案:不使用有機(jī)溶劑從鼠尾分離DNA 48
替代方案:一管法從鼠尾中分離DNA 49
方案16 快速分離酵母DNA 50
方案17 微型凝膠電泳后使用溴化乙錠(EB)估算條帶中DNA數(shù)量 52
方案18 利用Hoechst33258通過熒光分析儀估算DNA濃度 53
方案19 用PicoGreen定量溶液中的DNA 55
信息欄 56
第2章 DNA分析 62
導(dǎo)言 63
方案1 瓊脂糖凝膠電泳 73
方案2 瓊脂糖凝膠中DNA的染色檢測(cè) 76
方案3 聚丙烯酰胺凝膠電泳 80
方案4 聚丙烯酰胺凝膠中DNA的染色檢測(cè) 85
方案5 聚丙烯酰胺凝膠中DNA的放射自顯影檢測(cè) 86
方案6 堿性瓊脂糖凝膠電泳 87
附加方案:堿性瓊脂糖凝膠的放射自顯影 90
方案7 成像:放射自顯影和感光成像 91
方案8 用玻璃珠從瓊脂糖凝膠中回收DNA 96
方案9 低熔點(diǎn)瓊脂糖凝膠中DNA的回收:有機(jī)溶劑抽提法 98
方案10 聚丙烯酰胺凝膠中DNA片段的回收:壓碎與浸泡法 101
方案11 Southern印跡 103
方案12 Southern印跡:DNA從一塊瓊脂糖凝膠同時(shí)向兩張膜轉(zhuǎn)移 110
方案13 采用放射性標(biāo)記探針對(duì)固定在膜上的核酸DNA進(jìn)行Southern雜交 112
附加方案:從膜上洗脫探針 117
信息欄 119
第3章 質(zhì)粒載體克隆與轉(zhuǎn)化 122
導(dǎo)言 123
方案1 制備和轉(zhuǎn)化感受態(tài)大腸桿菌的Hanahan方法:高效轉(zhuǎn)化策略 126
方案2 制備和轉(zhuǎn)化感受態(tài)大腸桿菌的Inoue方法:“超級(jí)感受態(tài)”細(xì)胞 131
方案3 大腸桿菌的簡(jiǎn)單轉(zhuǎn)化:納米顆粒介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化 135
替代方案:一步法制備感受態(tài)大腸桿菌:在同一溶液中轉(zhuǎn)化和儲(chǔ)存細(xì)菌細(xì)胞 136
方案4 電穿7L法轉(zhuǎn)化大腸桿菌 138
方案5 質(zhì)粒載體克隆:定向克隆 143
方案6 質(zhì)粒載體克。浩侥┒丝寺 145
方案7 質(zhì)粒DNA的去磷酸化 148
方案8 向平末端DNA添加磷酸化銜接子/接頭 150
方案9 克隆PCR產(chǎn)物:向擴(kuò)增DNA的末端添加限制性酶切位點(diǎn) 151
方案10 克隆PCR產(chǎn)物:平末端克隆 154
方案11 克隆PCR產(chǎn)物:制各T載體 157
方案12 克隆PCR產(chǎn)物:TA克隆 159
方案13 克隆PCR產(chǎn)物:TOPO TA克隆 161
方案14 使用X-Gal和IPTG篩選細(xì)菌菌落:a-互補(bǔ) 165
信息欄 167
第4章 Gateway重組克隆 205
導(dǎo)言 206
方案1 擴(kuò)增Gatewav載體 210
方案2 制備可讀框入門克隆和目的克隆 213
方案3 應(yīng)用多位點(diǎn)LR克隆反應(yīng)制備目的克隆 219
信息欄 222
第5章 細(xì)菌人工染色體及其他高容量載體的應(yīng)用 223
導(dǎo)言 224
方案1 BAC DNA的小量分離和PCR檢驗(yàn) 235
方案2 BAC DNA的大量制備和線性化 238
方案3 通過脈沖電場(chǎng)凝膠電泳檢驗(yàn)BAC DNA的質(zhì)量和數(shù)量 241
方案4 兩步BAC工程:穿梭載體DNA的制備 242
方案5 A同源臂(A-Box)和B同源臂(B-Box)的制備 244
方案6 克隆A和B同源臂到穿梭載體 247
方案7 重組穿梭載體的制備和檢驗(yàn) 249
方案8 通過電穿7L法轉(zhuǎn)化重組穿梭載體到感受態(tài)BAC宿主細(xì)胞 251
方案9 共合體的檢驗(yàn)和重組BAC克隆的篩選 253
方案10 一步BAC修飾:質(zhì)粒制備 256
方案11 A同源臂(A-Box)的制備 259
方案12 克隆A同源臂到報(bào)道穿梭載體 260
方案13 用RecA載體轉(zhuǎn)化BAC宿主 263
方案14 轉(zhuǎn)移報(bào)道載體到BACiRecA細(xì)胞以及共合體的篩選 265
方案15 釀酒酵母(S.cerevisiae)的生長(zhǎng)和DNA制備 267
方案16 酵母DNA的小量制備 269
信息欄 270
第6章 真核細(xì)胞RNA的提取、純化和分析 275
導(dǎo)言 276
方案1 從哺乳動(dòng)物的細(xì)胞和組織中提取總RNA 279
替代方案 從小量樣本提取RNA 281
方案2 從斑馬魚胚胎和成體中提取總RNA 282
方案3 從黑腹果蠅提取總RNA 283
方案4 從秀麗隱桿線蟲中提取總RNA 285
方案5 從釀酒酵母菌中采用熱酸酚提取總RNA 287
方案6 RNA定量和儲(chǔ)存 289
方案7 RNA的乙醇沉淀 295
方案8 通過無RNase的DNaseI處理去除RNA樣品中的DNA污染 297
方案9 oligo(dT)磁珠法提取poly(A)+mRNA 298
方案10 按照大小分離RNA:含甲醛的瓊脂糖凝膠電泳 308
方案11 根據(jù)分子質(zhì)量大小分離RNA: RNA的尿素變性聚丙烯酰胺凝膠電泳 312
方案12 瓊脂糖凝膠中變性RNA的轄膜和固定 319
替代方案 下行毛細(xì)管轉(zhuǎn)移 323
方案13 聚丙烯酰胺凝膠的電轉(zhuǎn)移和膜固定 325
方案14 Northern雜交 327
方案15 純化RNA的點(diǎn)雜交和狹縫雜交 330
方案16 用核酸酶Sl對(duì)RNA作圖 342
方案17 核糖核酸酶保護(hù)分析:用核糖核酸酶和放射性標(biāo)記的RNA探針對(duì)RNA作圖 349
方案18 引物延伸法分析RNA 355
信息欄 359
第7章 聚合酶鏈反應(yīng) 363
導(dǎo)言 364
方案1 基礎(chǔ)PCR 375
方案2 熱啟動(dòng)PCR 380
方案3 降落PCR 383
方案4 高GC含量模板的PCR擴(kuò)增 385
方案5 長(zhǎng)片段高保真PCR (IA PCR) 390
方案6 反向PCR 393
方案7 巢式PCR 397
方案8 mRNA反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物cDNA的擴(kuò)增:兩步法RT-PCR 400
方案9 由mRNA的5'端進(jìn)行序列的快速擴(kuò)增:5'-RACE 409
方案10 由mRNA的3'端進(jìn)行序列的快速擴(kuò)增:3 '-RACE 416
方案11 使用PCR篩選克隆 422
信息欄 424
第8章 生物信息學(xué) 431
導(dǎo)言 432
方案1 使用ucsc基因組瀏覽器將基因組注釋可視化 434
方案2 使用BLAST和ClustalW進(jìn)行序列比對(duì)和同源性檢索 444
方案3 使用Primer3Plus設(shè)計(jì)PCR引物 450
方案4 使用微陣列和RNA-seq進(jìn)行表達(dá)序列譜分析 461
方案5 將上億短讀段定位至參考基因組上 472
方案6 識(shí)別ChIP-seq數(shù)據(jù)集中富集的區(qū)域(尋峰) 483
方案7 發(fā)現(xiàn)順式調(diào)控基序 495
信息欄 503
中冊(cè)
第9章 實(shí)時(shí)熒光聚合酶鏈反應(yīng)定量檢測(cè)DNA及RNA 509
導(dǎo)言 510
方案1 實(shí)時(shí)PCR反應(yīng)用引物和探針濃度的優(yōu)化 532
方案2 制作標(biāo)準(zhǔn)曲線 537
方案3 實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)DNA 540
方案4 實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)RNA 542
方案5 實(shí)時(shí)熒光PCR實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析和歸一化 545
信息欄 550
第10章 核酸平臺(tái)技術(shù) 551
導(dǎo)言 552
方案1 即制微陣列 560
方案2 Round AiRoundB DNA擴(kuò)增 564
方案3 核小體DNA和其他小于500bp的DNA的T7線性擴(kuò)增(TIAD) 567
方案4 RNA的擴(kuò)增 572
方案5 RNA的Cvanine-dUTP直接標(biāo)記 578
方案6 RNA的氨基烯丙基-dUTP間接標(biāo)記 581
方案7 用Klenow酶對(duì)DNA進(jìn)行Cyanine-dCTP標(biāo)記 583
方案8 DNA的間接標(biāo)記 585
方案9 封閉自制微陣列上的多聚賴氨酸 587
方案10 自制微陣列的雜交 589
第11章 DNA測(cè)序 595
導(dǎo)言 596
方案1 毛細(xì)管測(cè)序質(zhì)粒亞克隆的制備 620
方案2 毛細(xì)管測(cè)序之PCR產(chǎn)物的制備 625
方案3 循環(huán)測(cè)序反應(yīng) 627
方案4 全基因組:手工文庫制備 630
方案5 全基因組:自動(dòng)化的無索引文庫制備 636
附加方案 自動(dòng)化的文庫制備 642
方案6 全基因組:自動(dòng)化的帶索引文庫制備 644
方案7 用于Illumina測(cè)序的3kb末端配對(duì)文庫的制備 651
方案8 用于Illumina測(cè)序的8kb末端配對(duì)文庫的制備 659
附加方案 AMPure磁珠校準(zhǔn) 671
方案9 RNA—Seq:RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA及其擴(kuò)增 673
附加方案 RNACleanⅪ’磁珠純化/RNA—Seq前) 679
方案10 液相外顯子組捕獲 680
附加方案 AMPure XP磁珠純化 688
附加方案 瓊脂糖凝膠大小篩選 689
方案11 自動(dòng)化大小篩選 690
方案12 用SYBR Green-qPCR進(jìn)行文庫定量 693
方案13 用PicoGreen熒光法進(jìn)行文庫DNA定量 696
方案14 文庫定量:用Qubit系統(tǒng)對(duì)雙鏈或單鏈DNA進(jìn)行熒光定量 700
方案15 為454測(cè)序制備小片段文庫 702
方案16 單鏈DNA文庫的捕獲及emPCR 708
方案17 Rochei454測(cè)序:執(zhí)行一個(gè)測(cè)序運(yùn)行 714
方案18 結(jié)果有效性確認(rèn) 721
方案19 測(cè)序數(shù)據(jù)的履量評(píng)估 723
方案20 數(shù)據(jù)分析 724
信息欄 725
第12章 哺乳動(dòng)物細(xì)胞中DNA甲基化分析 729
導(dǎo)言 730
方案1 DNA亞硫酸氫鹽測(cè)序法檢測(cè)單個(gè)核苷酸的甲基化 735
方案2 甲基化特異性聚合酶鏈反應(yīng)法檢測(cè)特定基因的DNA甲基化 742
方案3 基于甲基化胞嘧啶免疫沉淀技術(shù)的DNA甲基化分析 745
方案4 高通量深度測(cè)序法繪制哺乳動(dòng)物細(xì)胞DNA甲基化圖譜 749
方案5 亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化的DNA文庫的Roche454克隆測(cè)序 760
方案6 亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化的DNA文庫的Illumina測(cè)序 765
信息欄 770
第13章 標(biāo)記的DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針的制備 775
導(dǎo)言 776
方案1 隨機(jī)引物法:用隨機(jī)寡核苷酸延伸法標(biāo)記純化的DNA片段 792
方案2 隨機(jī)引物法:在融化瓊脂糖存在下用隨機(jī)寡核苷酸延伸法標(biāo)記DNA 798
方案3 用切口平移法標(biāo)記DNA探針 800
方案4 用聚合酶鏈反應(yīng)標(biāo)記DNA探針 804
附加方案 不對(duì)稱探針 808
方案5 體外轉(zhuǎn)錄合成單鏈RNA探針 809
附加方案 用PCR法將噬菌體編碼的RNA聚合酶啟動(dòng)子加至DNA片段上 816
方案6 用隨機(jī)寡核苷酸引物法從mRNA合成cDNA探針 818
方案7 用隨機(jī)寡核苷酸延伸法制備放射性標(biāo)記的消減cDNA探針 820
方案8 用大腸桿菌DNA聚合酶I的Klenow片段標(biāo)記雙鏈DNA的3' 端 825
方案9 用堿性磷酸酶進(jìn)行DNA片段的去磷酸化 831
方案10 含5'突出羥基端的DNA分子磷酸化 833
方案11 去磷酸化的平端或5'凹端DNA分子的磷酸化 836
方案12 用T4多核苷酸激酶進(jìn)行寡核苷酸5'端的磷酸化 839
方案13 用末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶標(biāo)記寡核苷酸3'端 841
替代方案 用TdT合成非放射性標(biāo)記的探針 843
附加方案 加尾反應(yīng) 843
附加方案 合成非放射性標(biāo)記探針的修飾 844
方案14 用大腸桿菌DNA聚合酶I的Klenow片段標(biāo)記合成的寡核苷酸 845
方案15 用乙醇沉淀法純化標(biāo)記的寡核苷酸 849
方案16 用空間排阻層析法純化標(biāo)記的寡核苷酸 850
方案17 用Sep-PakCl8柱色譜法純化標(biāo)記的寡核苷酸 852
方案18 寡核苷酸探針在水溶液中雜交: 在含季銨鹽緩沖液中洗滌 854
信息欄 857
第14章 體外誘變方法 871
尋言 872
方案1 用易錯(cuò)DNA聚合酶進(jìn)行隨機(jī)誘變 879
方案2 重疊延伸PCR產(chǎn)生插入或缺失誘變 890
方案3 以雙鏈DNA為模板的體外誘變:用DpnI選擇突變體 897
方案4 突變型B一內(nèi)酰胺酶選擇法定點(diǎn)誘變 904
方案5 通過單一限制性位點(diǎn)消除進(jìn)行寡核苷酸指導(dǎo)的誘變/USE誘變) 910
方案6 利用密碼子盒插入進(jìn)行飽和誘變 915
方案7 隨機(jī)掃描誘變 922
方案8 多位點(diǎn)定向誘變 926
方案9 基于PCR的大引物誘變 930
信息欄 933
第15章 向培養(yǎng)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞中導(dǎo)入基因 937
導(dǎo)言 938
方案1 陽離子脂質(zhì)試劑介導(dǎo)的DNA轉(zhuǎn)染 942
替代方案 采用DOTMA和DOGS進(jìn)行轉(zhuǎn)染 948
附加方案 單層細(xì)胞組織化學(xué)染色檢測(cè)B一半乳糖苷酶 950
方案2 磷酸鈣介導(dǎo)的質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)染真核細(xì)胞 952
替代方案 磷酸鈣介導(dǎo)的質(zhì)粒DNA高效轉(zhuǎn)染真核細(xì)胞 956
方案3 磷酸鈣介導(dǎo)的高分子質(zhì)量基因組DNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞 959
替代方案 磷酸鈣介導(dǎo)的貼壁細(xì)胞的轉(zhuǎn)染 962
替代方案 磷酸鈣介導(dǎo)的懸浮生長(zhǎng)細(xì)胞的轉(zhuǎn)染 963
方案4 DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染:高效率的轉(zhuǎn)染方法 964
替代方案 DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染:提高細(xì)胞活力的方案 966
方案5 電穿孑L轉(zhuǎn)染DNA 968
方案6 通過alamarBlue法分析細(xì)胞活力 972
方案7 通過乳酸脫氫酶法分析細(xì)胞活力 974
方案8 通過MTT法分析細(xì)胞活力 977
信息欄 980
第16章 向哺乳動(dòng)物細(xì)胞中導(dǎo)入基因:病毒載體 998
導(dǎo)言 999
方案1 直接克隆法構(gòu)建重組腺病毒基因組 1 019
方案2 將克隆的重組腺病毒基因組釋放用于挽救和擴(kuò)增 1023
方案3 氯化銫梯度沉降法純化重組腺病毒 1028
方案4 限制性內(nèi)切核酸酶消化法鑒定純化后的重組腺病毒基因組 1031
方案5 TCID50終點(diǎn)稀釋結(jié)合qPCR測(cè)定重組腺病毒感染滴度 1034
附加方案 準(zhǔn)備qPCR的DNA標(biāo)準(zhǔn)品 1042
方案6 濃縮傳代和Real-Time qPCR法檢測(cè)有復(fù)制能力腺病毒(RCA) 1043
方案7 瞬時(shí)轉(zhuǎn)染法制備rAAV 1051
方案8 氯化銫梯度沉降法純化rAAV 1054
方案9 碘克沙醇梯度離心法純化rAAV 1059
方案10 肝素親和層析法純化rAAV2 1062
方案11 陰離子交換柱層析法從碘克沙醇梯度離心后的rAAV樣本中富集完全包裝病毒 1065
方案12 實(shí)時(shí)定量PCR法測(cè)定rAAV基因組拷貝數(shù) 1068
方案13 TCID50終點(diǎn)稀釋結(jié)合qPCR法靈敏測(cè)定rAAV惑染滴度 1071
方案14 負(fù)染色法和高分辨電子顯微鏡分析rAAV樣本形態(tài) 1074
方案15 銀染SDS-PAGE分析rAAV純度 1076
方案16 高滴度反轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體的制備 1079
方案17 慢病毒載體的滴定 1085
方案18 監(jiān)測(cè)慢病毒載體儲(chǔ)備液中的可復(fù)制型病毒 1089
信息欄 1091
下冊(cè)
第17章 利用報(bào)道基因系統(tǒng)分析基因表達(dá)調(diào)控 1102
導(dǎo)言 1103
方案1 哺乳動(dòng)物細(xì)胞提取物中B一半乳糖苷酶的測(cè)定 1112
附加方案 化學(xué)發(fā)光實(shí)驗(yàn)檢測(cè)B一半乳糖苷酶活性 1115
方案2 單螢光素酶報(bào)道基因?qū)嶒?yàn) 1118
方案3 雙螢光素酶報(bào)道基因?qū)嶒?yàn) 1123
方案4 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)定量檢測(cè)綠色熒光蛋白 1128
方案5 用四環(huán)素調(diào)控基因表達(dá)建立細(xì)胞系 1131
附加方案 有限稀釋法篩選懸浮細(xì)胞的穩(wěn)定克隆 1138
信息欄 1140
第18章 RNA干擾與小RNA分析 1170
導(dǎo)言 1171
方案1 雙鏈siRNA制備 1185
方案2 通過轉(zhuǎn)染雙鏈siRNA在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中進(jìn)行RNA干擾 1187
方案3 通過轉(zhuǎn)染雙鏈siRNA在果蠅S2細(xì)胞中進(jìn)行RNA干擾 1190
方案4 體外轉(zhuǎn)錄法制備dsRNA 1192
方案5 采用dsRNA浸泡果蠅S2細(xì)胞進(jìn)行RNA干擾 1196
方案6 采用dsRNA轉(zhuǎn)染在果蠅S2細(xì)胞中進(jìn)行RNA干擾 1198
方案7 小RNA的Northern雜交分析 1199
方案8 反轉(zhuǎn)錄定量PCR分析小RNA 1203
方案9 構(gòu)建小RNA高通量測(cè)序文庫 1206
方案10 抑制miRNA功能的反義寡核苷酸制備 1215
方案11 在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中通過反義寡核苷酸抑制miRNA功能 1216
方案12 在果蠅S2細(xì)胞中通過反義寡核苷酸抑制miRNA功能 1218
信息欄 1219
第19章 克隆基因的表達(dá)以及目的蛋白的純化和分析 1225
導(dǎo)言 1226
方案1 在大腸桿菌中利用可用IPTG誘導(dǎo)的啟動(dòng)子表達(dá)克隆化基因 1249
附加方案 目標(biāo)蛋白可溶性表達(dá)的小量試驗(yàn) 1255
替代方案 在大腸桿菌中利用阿拉伯糖BAD啟動(dòng)子表達(dá)克隆基因 1260
替代方案 信號(hào)肽融合雖白的亞細(xì)胞定位 1261
方案2 用桿狀病毒表達(dá)系統(tǒng)表達(dá)克隆基因 1265
附加方案 噬菌斑測(cè)定法確定桿狀病毒原液的滴度 1271
替代方案 用于轉(zhuǎn)染昆蟲細(xì)胞的桿粒DNA制備 1274
方案3用 甲醇誘導(dǎo)啟動(dòng)子AOX1在畢赤酵母中表達(dá)克隆基因 1277
附加方案 酵母培養(yǎng)物的凍存 1287
方案4 用于純化大腸桿菌中表達(dá)可溶性蛋白的細(xì)胞提取物的制備 1291
附加方案 酵母細(xì)胞玻璃珠裂解法 1296
替代方案 溫和的熱誘導(dǎo)的酶裂解法制備大腸桿菌細(xì)胞提取物 1298
替代方案 用溶菌酶裂解和凍融法聯(lián)用制備大腸桿菌細(xì)胞提取物 1300
方案5 采用固化的金屬親和層析純化多聚組氨酸標(biāo)記的蛋白質(zhì) 1302
附加方案 Niz+-NTA樹脂的清洗與再生 1309
替代方案 組氨酸標(biāo)簽蛋白的快速液相色譜純化 1310
方案6 采用谷胱甘肽樹脂以親和層析純化融合蛋白 1314
方案7 包含體中表達(dá)蛋白的增溶 1321
方案8 蛋白質(zhì)的SDS-PAGE 1325
替代方案 用考馬斯亮藍(lán)進(jìn)行SDS-PAGE凝膠染色的各種不同方法 1335
替代方案 用銀鹽進(jìn)行SDS-PAGE凝膠染色 1336
方案9 蛋白質(zhì)的免疫印跡分析 1340
方案 10測(cè)定蛋白質(zhì)濃度的方法 1347
信息欄 1353
第20章 利用交聯(lián)技術(shù)分析染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能 1358
導(dǎo)言 1359
方案1 甲醛交聯(lián) 1369
方案2 制備用于染色質(zhì)免疫沉淀的交聯(lián)染色質(zhì) 1371
方案3 染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP) 1373
方案4 染色質(zhì)免疫沉淀-定量聚合酶鏈反應(yīng)( ChIP-qPCR) 1377
方案5 染色質(zhì)免疫沉淀-芯片雜交(ChIP-chip) 1378
方案6 染色質(zhì)免疫沉淀-高通量測(cè)序(ChIP-seq) 1385
方案7 交聯(lián)細(xì)胞3C文庫的制備 1389
方案8 環(huán)形染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP-loop)文庫的制備 1393
方案9 連接產(chǎn)物對(duì)照組文庫的制備 1398
方案10 PCR檢測(cè)3C、ChIP-loop和對(duì)照文庫中的3C連接產(chǎn)物:文庫滴定與相互作用頻率分析 1400
方案11 3C、ChIP-loop和對(duì)照組文庫的4C分析 1404
方案12 3C、ChIP-loop和對(duì)照組文庫的5C分析 1408
信息欄 1412
第21章 紫外交聯(lián)免疫沉淀(CLIP)技術(shù)進(jìn)行體內(nèi)RNA結(jié)合位點(diǎn)作圖 1415
導(dǎo)言 1416
方案1 CLIP實(shí)驗(yàn)免疫沉淀嚴(yán)謹(jǐn)性的優(yōu)化 1424
方案2 活細(xì)胞的紫外交聯(lián)和裂解物制備 1429
方案3 RNA酶滴定、免疫沉淀及SDS-PAGE 1432
方案4 3'-接頭的連接祁用SDS-PAGE進(jìn)行大小選擇 1441
替代方案 去磷酸化RL3接頭5端的標(biāo)記 1445
方案5 RNA標(biāo)簽的分離、5二接頭的連接和反轉(zhuǎn)錄PCR擴(kuò)增 1446
方案6 RNA CLIP標(biāo)簽測(cè)序 1456
方案7 RNA接頭膠回收及保存 1458
信息欄 1460
第22章 Gateway相容酵母單雜交和雙雜交系統(tǒng) 1464
導(dǎo)言 1465
方案1 構(gòu)建酵母單雜交DNA-誘餌菌株 1474
替代方案 用復(fù)性引物從DNA誘餌中獲得入門克隆產(chǎn)物 1481
方案2 生成酵母雙雜交DB-誘餌菌株 1484
方案3 從活化域捕獲文庫中鑒定相互作用分子 1490
方案4 高效的酵母轉(zhuǎn)化 1496
方案5 用于B-半乳糖苷酶活力的菌落轉(zhuǎn)移比色測(cè)定 1500
方案6 酵母克隆的PCR 1502
信息欄 1504
附錄1 試劑和緩沖液 1507
附錄2 常用技術(shù) 1533
附錄3 檢測(cè)系統(tǒng) 1541
附錄4 一般安全原則和危險(xiǎn)材料 1565
索引 1573