環(huán)形RNA的生物信息計算與應(yīng)用研究
定 價：128 元
- 作者：吳靜、宋曉峰 著
- 出版時間：2024/6/1
- ISBN：9787122449924
- 出 版 社：化學(xué)工業(yè)出版社
- 中圖法分類：Q811.4
- 頁碼：176
- 紙張：
- 版次：01
- 開本：小16開
本書介紹了環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列重構(gòu)和定量算法CircAST，該算法通過計算不同組織、不同疾病狀態(tài)下環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本完整的序列組成和內(nèi)部結(jié)構(gòu)以及對環(huán)形RNA基于轉(zhuǎn)錄本水平的精確定量，幫助研究者更有效地篩選出具有潛在功能的環(huán)形RNA可變剪接異構(gòu)體，為更加精準(zhǔn)地全面解析環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本提供了重要的工具，對環(huán)形RNA功能的深入研究具有重要意義。
本書可供生物信息學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)、計算生物學(xué)等學(xué)科的研究人員參考，也可作為高等院校相關(guān)專業(yè)的教材或教學(xué)參考書。
吳靜，博士，南京醫(yī)科大學(xué)副教授，碩士生導(dǎo)師，現(xiàn)任中國人工智能學(xué)會生物信息學(xué)與人工生命專委會委員，中國計算機學(xué)會生物信息學(xué)專委會委員，中國自動化學(xué)會智能健康與生物信息專委會委員。主持和參與國家自然科學(xué)基金等項目多項，近五年發(fā)表國際國內(nèi)學(xué)術(shù)論文10余篇，指導(dǎo)大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練項目及全國大學(xué)生數(shù)學(xué)建模競賽等學(xué)科競賽，多人次獲獎。
宋曉峰，南京航空航天大學(xué)教授。主要研究領(lǐng)域為生物信息學(xué)與計算系統(tǒng)生物學(xué)。近幾年主持國家自然科學(xué)基金一項、江蘇省自然科學(xué)基金一項，主持校級教改項目三項，參與國家或部級科研項目十多項，以一作或通訊作者在國際SCI檢索學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research, Journal of Theoretical Biology, Journal of Medical Virology, BioSystems等發(fā)表論文14篇，EI、ISTP收錄論文30多篇。多次參與組織和參加國內(nèi)國際學(xué)術(shù)會議。目前擔(dān)任：中國生物醫(yī)學(xué)物理學(xué)研究會理 事；中國電子學(xué)會生命電子學(xué)專業(yè)委員會委員；江蘇省生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)會生物信息學(xué)專業(yè)委員會委員；Nucleic Acids Research, Computers in Biology and Medicine等多個國際雜志的審稿人，多個國際學(xué)術(shù)會議(WCCI2008, ACM BCB2011, BSBT2011，BSBT2010，BSBT2009，BSBT2008, IEEE BIBM2010, IEEE BIBM2011, IJCBS2009, AST2010, ICCC2010，ICCC2009)程序委員會委員，主席，分會主席等。
第1章緒論001
1.1環(huán)形RNA概述003
1.2環(huán)形RNA的生物學(xué)功能005
1.3環(huán)形RNA的識別計算010
1.4環(huán)形RNA內(nèi)部結(jié)構(gòu)的探索及定量估計研究013
第2章環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝的計算研究019
2.1引言021
2.2基于EMPC算法的環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列重構(gòu)方法022
2.2.1基于參考基因組的轉(zhuǎn)錄本組裝022
2.2.2環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝024
2.3模擬數(shù)據(jù)驗證027
2.3.1環(huán)形轉(zhuǎn)錄組測序模擬數(shù)據(jù)生成工具027
2.3.2模擬數(shù)據(jù)集030
2.3.3算法性能評估031
2.3.4環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)的復(fù)雜性分析032
2.4實驗驗證034
2.4.1小鼠睪丸環(huán)形RNA測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備034
2.4.2小鼠睪丸環(huán)形RNA組裝結(jié)果035
2.4.3用RT-PCR和Sanger測序?qū)M裝結(jié)果進(jìn)行驗證038
2.4.4算法對真實數(shù)據(jù)的重構(gòu)效率分析051
2.5與現(xiàn)有算法的比較054
2.6小結(jié)058
第3章環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本定量計算研究061
3.1引言063
3.2基于EM算法的環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本定量計算方法064
3.3模擬數(shù)據(jù)驗證068
3.3.1模擬數(shù)據(jù)集068
3.3.2算法性能評估069
3.4實驗驗證072
3.5與現(xiàn)有算法的比較075
3.6人細(xì)胞系、小鼠睪丸和原雞肌肉中環(huán)形RNA的表達(dá)與分析076
3.7小結(jié)080
第4章小鼠睪丸和卵巢中環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜分析083
4.1引言085
4.2材料和方法088
4.2.1樣本數(shù)據(jù)集的制備088
4.2.2環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝和定量分析089
4.2.3環(huán)形RNA可變剪接體的差異表達(dá)分析090
4.2.4功能富集分析090
4.2.5circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建090
4.3結(jié)果091
4.3.1小鼠睪丸和卵巢組織中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的概貌091
4.3.2小鼠睪丸和卵巢組織中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)特征099
4.3.3對差異表達(dá)環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的分析103
4.3.4circRNA-miRNA-mRNA相互作用調(diào)控網(wǎng)絡(luò)111
4.4小結(jié)113
第5章人腦膠質(zhì)瘤樣本中環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜分析115
5.1引言117
5.2材料和方法119
5.2.1樣本數(shù)據(jù)集119
5.2.2環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本序列重構(gòu)和定量分析119
5.2.3差異表達(dá)環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本的鑒定120
5.2.4GO功能富集和KEGG信號通路分析120
5.2.5miRNA預(yù)測和ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建120
5.3結(jié)果121
5.3.1人腦膠質(zhì)瘤樣本中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的概貌121
5.3.2對照樣本和疾病樣本中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的特征125
5.3.3環(huán)形轉(zhuǎn)錄本差異表達(dá)分析130
5.3.4circRNA介導(dǎo)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)137
5.4小結(jié)139
附錄142
附錄1縮略語142
附錄2小鼠睪丸組織環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件144
附錄3RT-PCR實驗所用引物信息149
附錄4人類HeLa細(xì)胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件154
附錄5人類HEK293細(xì)胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件158
附錄6人類Hs68細(xì)胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件160
附錄7原雞肌肉組織中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件163
參考文獻(xiàn)164
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