詩曰：江漢浮浮，武夫滔滔。水之有戰(zhàn)，始自宣王中興時，周宣王征剿淮夷，自此之后，在中國的水面上，便爭斗不斷：吳國與楚國爭于長江，曹操與孫權(quán)戰(zhàn)于赤壁，唐敗百濟與倭聯(lián)軍于白江口，元滅宋于崖山……水面上的戰(zhàn)斗歷朝歷代從未停止。時至元末，朱元璋在鄱陽湖大敗陳友諒，一統(tǒng)中原，建都于南京。
南京位于長江中下游地區(qū)，地理位置重要，東連海岱，西控荊巴，南襟閩粵，背枕青徐，為天下之心腹，王業(yè)之鎬京也，更是朱元璋北伐中原的大本營，所以對明朝來說，南京的安全極為重要。為了鞏固京師的安全，朱元璋建立水師，廣布衛(wèi)所于沿海險要之處，建立起了一個前代所沒有的嚴密的海防體系。
朱棣繼位后，建造龐大的艦隊，派2萬余人的水師七下西洋，滅陳祖義于舊港，生擒錫蘭國王亞列苦奈兒，敗蘇干剌于蘇門答臘，打通了海外貿(mào)易的通路，大力發(fā)展朝貢貿(mào)易，擴大了明朝的國際影響力。
到了明代中期，明朝的勢力逐漸衰落，戰(zhàn)船也越造越小，但是海戰(zhàn)卻多了起來。倭寇、葡萄牙侵略者、荷蘭侵略者接踵而至。為了對付敵人，嘉靖皇帝大膽啟用胡宗憲、譚綸、戚繼光、俞大猷等人，重建了海防體系，大力建造福船、廣船、海滄船等新制戰(zhàn)艦，并在戰(zhàn)船上裝備發(fā)熕銃等西式火炮，大大增加了水師的戰(zhàn)力。先后剿滅了在沿海搶劫的大隊倭寇以及汪直、徐海、吳平等勾結(jié)倭寇的海上巨盜。
隆慶初年，明廷在福建建造四丈面闊（寬12.4米）的封舟24艘，并聯(lián)合福建水師、廣東水師、廣西水師三省水師會剿曾一本。這其中屬福建水師最為強大，除擁有新造的24艘封舟外，還擁有大福船80艘、龍艚快船50艘，明廷先后發(fā)給福建水師的火藥就達5萬余斤。而負責制造船只并協(xié)調(diào)各個水師事務的人便是福建巡撫徐澤民。如此規(guī)模的水師，為開海提供了必要條件，徐澤民因此在隆慶初年上疏請求開海，得到皇帝的首肯，自此明朝開放了海禁，準許私人從月港出發(fā)至海外貿(mào)易。
曾一本覆滅后，海上重新恢復了平靜。但是好景不長，隨著荷蘭人的東來，平靜再一次被打破。荷蘭人攜夾板船及紅夷大炮進攻東南沿海，并將火炮等軍器賣給海盜，資助海盜對明廷開戰(zhàn)。崇禎元年（1628年），新任福建巡撫熊文燦招撫了海盜鄭芝龍，并任命其主管海防游擊，為五虎游擊將軍。此后，鄭芝龍率領(lǐng)明軍水師大敗荷蘭人于料羅灣，并剿滅荷蘭人的合伙人海盜劉香。
崇禎十七年（順治元年，1644年）明亡之后，鄭成功奉永歷為正朔，以廈門、金門為基地，建立起明鄭政權(quán)。與清廷和荷蘭人抗爭達數(shù)十年，擊敗了阿格商、達素等清朝將領(lǐng)。雖然在南京城下敗給了清廷，但鄭成功并未因此一蹶不振，反而成功地擊敗荷蘭殖民者，收復臺灣。
永歷十六年（康熙元年，1662年）鄭成功因病逝世，其子鄭經(jīng)取得政權(quán)，設(shè)計擒殺鄭泰，逼走鄭泰的弟弟鄭鳴駿，導致鄭鳴駿率領(lǐng)上萬人投降清廷，令明鄭政權(quán)軍力損失大半。其基地廈門、金門的大炮均被鄭鳴駿搬走，在清荷聯(lián)軍的進攻下毫無還手之力。鄭經(jīng)只能放棄金門和廈門，退守臺灣。20年后，清廷派施瑯率水師進攻臺灣，施瑯在澎湖大敗鄭軍，鄭經(jīng)的兒子鄭克塽投降，明鄭政權(quán)徹底滅亡。